中国科学院、中国农业科学院、中国林业科学院、各省（市、区）农业科学院及一部分农业大学，分别设立了土壤、土壤肥料或土壤农业化学研究所或室。属中国科学院领导的有：南京土壤研究所，沈阳应用生态研究所（原称沈阳林业土壤研究所），西北水土保持研究所，新疆生物土壤沙漠研究所，成都山地灾害与环境研究所土壤研究室，兰州沙漠研究所水土资源研究室，西宁高原生物所的生态研究室。广东省土壤研究所原属中国科学院，已改由广东省科学院领导。中国农业科学院设有直属的土壤肥料研究所；各省（市、区）农业科学院多设有土壤肥料研究所，其科技人员一般为数十人，最多的可达百余人。其中历史较久、规模较大者有江苏农科院土壤肥料研究所，其前身是前中央农业实验所和中华人民共和国成立后的华东农科院土壤肥料研究所。此外还有省属的江西红壤研究所，为江西省红壤垦殖提供土壤科技资料。

其前身是前中央地质调查所土壤研究室。1930年7月中华教育文化基金委员会委托地质调查所建立该室，从此开展了全国最早期的土壤调查研究。研究室设在当时的北平，曾聘请美国潘德顿（R.T.Pendle-ton，1931）和梭颇（J.Thorp，1932～1935）先后为主任技师。1931年首批土壤调查报告出版，由肖查理（Charles Shaw）和谢家荣撰写，分别称为《土壤专报》一号和二号。侯光炯等于1931年到所，以后有熊毅、李连捷、朱莲青、陈恩凤、李庆逵、周昌芸、马溶之等先后来所工作，开展了山东、河北、陕西、甘肃、广东、广西、江西等省的土壤概测，并完成河北定县、江苏句容的分县土壤调查制图。直至1937年，土壤室共刊出土壤调查报告《土壤专报》18号和甲、乙两种不定期特刊《土壤专刊》。1935年该研究室迁南京，抗战爆发后迁重庆北碚。这时期，宋达泉（1936）、侯学煜（1937）、席承藩（1939）、席连之（1940）等先后来所；调查研究地域侧重西南、西北诸省，并协助福建、江西两省的土壤调查。1945年迁回南京后，于天仁、何金海、程伯容、曾昭顺、刘铮等应聘来所，并开展了红壤区和黄泛区土壤调查。中华人民共和国成立后，仍以室的建制设在地质研究所内，筹建了红壤（江西甘家山）、盐土（山东打渔张）、风沙土（辽宁章古台）黄土区（陕西武功）等工作站，开展红壤区和黄泛区的土壤改良利用及黄土高原水土流失的研究。

1953年中国科学院南京土壤研究所正式成立，先分为4个学科组：土壤物理与物理化学，土壤化学与农业化学，土壤生物与生物化学和土壤地理与土壤改良；另设资料室。在人员方面除江西、福建两所的朱显谟，陈家坊等先后奉调来所外，自1952年起陆续有大批大学毕业生分配来所，队伍不断扩大，从此开展了全国土壤资源考察、低产土壤改良和合理施肥等研究工作；土壤发生分类、土壤常规制图与遥感制图、土壤分布规律、土壤物理、土壤化学、土壤生物及微生物、土壤环境条件与植物生长关系等研究相继展开。同时，购置了现代仪器设备；培养大批青年科技人员和硕士、博士研究生。以后又开展了土壤环境保护研究、土壤微形态研究和土壤信息系统、¹⁴C断代等新技术的应用。至90年代初已建成土壤地理、土壤—植物营养化学、土壤物理化学、土壤电化学、土壤生物化学、土壤微生物、土壤盐渍地球化学、土壤物理、土壤环境保护、土壤生态、计算机等11个研究室或组；还有土壤圈物质循环实验室、图书情报室、编译出版室等以及附属工厂，人员达500左右。其中科研、技术人员370余人，内有高级研究人员近百人。已收集专业图书8万余册，期刊460余种，有现代分析仪器2000余件。其科研设备较好、学科较全、综合性较强。已出版的科研成果达270余项，主要是：主编《中国土壤》，编著《华北平原土壤》及1/20万、1/150万土壤图集，1/1500万《中国土壤图集》，《中国红壤》，《中国水稻土》，《中国盐渍土》，《土壤电化学性质及其研究法》，《土壤物理学》，《土壤胶体》，《华中亚热带土壤》，《水稻土的物理化学性质》，《中国土壤区划》，《中国红黄壤地区土壤区划》，全国1∶400万及1∶1000万土壤图等土壤专著和图册。

原名林业土壤研究所，1954年以前它是研究森林、土壤、植物、微生物的综合性生物—地学研究机构。1951年由南京土壤研究所组成“东北土壤调查团”，以宋达泉、曾昭顺、程伯容等8人为骨干，宋达泉任团长，与当地配合，开展了东北地区的土壤调查制图。1954年，科学院决定以上述人员为主，并与东北农学院植物研究室、微生物室配合组建成“沈阳林业土壤研究所”。它在自然资源综合考察利用、森林采伐更新、固沙造林与农田防护、盐碱土的形成与改良、农业建设、生物固氮、区域环境评价与综合治理、农业生态系统养分循环、土壤植物系统污染生态、种群生态模型与土壤发生分类等方面，取得了重要和研究成果，其中一部分以专著发表。80年代中期更名为中国科学院沈阳应用生态研究所，以陆地生态系统为主要研究对象，土壤是陆地生态系统中的主要环节。该所对东北广泛分布的黑土、白浆土素有较深入的研究，特别是对白浆土作出开创性研究；对东北三江平原综合开发治理及棕壤的定位试验研究，也取得良好成果；对长白山区的森林与土壤作了长期定位试验，迄未中断。

原名西北生物土壤研究所。主要研究西北黄土区的水土流失及其防治。50年代，中国科学院黄河中游水土保持考察队对黄土区进行了科学考察；中国科学院南京土壤研究所也在陕西武功（现杨陵镇）设立黄土试验站，由朱显谟等负责长期观察试验，深感黄土区水土流失问题的严重性及其治理的长期性，中国科学院决定在原黄土试验站（在杨陵镇）建立该所。研究人员包括土壤、农、林、水各学科成员，开展土壤、生物及工程的水土保持措施的研究。在黄土侵蚀规律及其预报研究中，对降雨侵蚀力与土壤抗蚀性能、植被、地形、利用方式等保水保土功能的研究，均取得较好成果。对土壤发生分类及土地资源评价和合理利用，对旱作农业增产措施中的保墒，包括不同土壤的水分动态，进行了系统的研究。在陕北（吴旗、安塞等地）飞播沙打旺初见成效，它能迅速被覆光秃的黄土地面。安塞等地的定点综合治理也随之展开。

建于1961年新疆考察队的基础上。研究新疆160万km²土地的沙漠、生物、土壤等自然资源的形成、特征、演变及其综合评价；开展重大的生态、环境问题的定位观察研究；重点研究干旱区土壤的盐化、碱化及其改良利用。

50年代末侯光炯等创建西南土壤研究室，原设在重庆。60年代中期停办，70年代末恢复，设在成都，称为中国科学院成都分院土壤研究室，重点研究四川广泛分布的紫色土及丘陵地的冬水田改良利用等问题；也研究有关西南地区和三峡地区的一些土壤耕作及改良问题。1991年该研究室与中国科学院成都地理研究所合并，成为中国科学院成都山地灾害与环境研究所下属的土壤研究室。

沙漠所土壤室侧重研究风沙土的形成及其改造，设置了沙坡头沙漠治理试点，研究风沙移动规律及沙漠水分状况等。西北高原生物研究所的土壤研究室侧重于高原土壤的发生过程，以青藏高原北部为其主要研究对象。

于1958年12月成立，当时称为中国科学院广州土壤研究所，1962年改为中南土壤研究室，隶属于中国科学院中南分院，由陆发熹教授任室主任。1974年中南土壤研究室与广东省农业科学院土化系合并为土壤肥料研究所，1978年改名为广东省土壤研究所隶属于广东省科学院。该所主要调查研究广东省土壤及其开发利用与治理。对粤东梅县一带的水土流失以五华为重点进行了综合治理研究。

其前身系50年代初建立的华北农业科学研究所土肥系，1957年8月26日在北京改建并正式成立。1970年12月下放山东；以后又改属山东省农业科学院，称山东省土壤肥料研究所。1978年12月迁回北京，恢复原所。其主要任务是：研究全国土壤、肥料、耕作、土壤微生物等学科中的理论、方法和其他有关科技问题；以应用研究和应用基础研究为主，同时加强开发研究，综合运用科技成果，面向经济建设。该所现设7个研究室：农业土壤研究室，土壤改良研究室，耕作研究室，化肥研究室，有机肥研究室，农区草业研究室及土壤微生物研究室；两个中心：分析测试中心（暨国家化肥质量监督检验测试中心）及菌种保藏中心（暨全国农业微生物菌种保藏管理中心）；两个试验站：湖南衡阳红壤改良试验站及山东德州盐碱土改良试验站。此外全所还设有图书资料室和《土壤肥料》杂志编辑部，以及隶属于耕作研究室的土壤物理实验室，隶属于化肥研究室的中加合作土壤植物测试实验室和隶属于农业土壤研究室的北京昌平试验场。土肥所承担有关土壤改良、小区域综合治理、提高肥料利用率、旱地农业技术、生物固氮、肥力监测等方面的国家科技攻关项目、国家工业性试验项目等；主持全国化肥试验网和全国绿肥试验网的长期试验工作。在国际上，与国际水稻研究所等机构有长期合作关系，并与美、德、澳、法等国均有合作科研项目。建所以来获得多项科技成果奖励，其中包括国家重大科技成果奖2项，全国科学大会奖8项，国家科技进步奖7项。在中国农业科学院下属研究所内，如农田灌溉研究所、原子能农业研究所、水稻研究所、油料研究所、棉花研究所、麻类研究所、果树研究所、郑州果树研究所、柑橘研究所、草原研究所等均设有土肥研究室或研究组，从事有关专业领域的土肥科学研究。

中国的省、市、自治区，除江西、西藏、海南及台湾外，均于50～70年代建立了土壤肥料研究所，归属各省、市、区农科院领导。其中，江苏农业科学院土壤肥料所是在原中央农业实验所的基础上改建扩充而成的，50年代以来一直从事绿肥、盐土改良、施肥技术等方面研究；50年代初还承担大别山区及治淮方面的土壤调查。江西农业科学院虽未设土壤肥料所，但于1963年的单独成立了江西省红壤研究所，承担土壤肥料研究工作。各省级土壤肥料所的科技人员在20～50人左右；在农村建立了调查研究基地或试验站，为省、市、区土壤肥料技术推广提供咨询服务或技术指导。