一个或几个有害的生物种群侵入土壤并大量繁衍，破坏原来的生态平衡，对生态系统或人体健康产生不良影响。其污染源主要是未经处理的粪便、垃圾、城市生活污水、饲养场和屠宰场的污物等，其中危险性最大的是传染病医院未经消毒处理的污水和污物。

土壤生物污染是土壤中的植物病原体直接危害作物，造成农业减产。例如，一些植物致病细菌污染土壤后能引起番茄、茄子、辣椒、马铃薯、烟草等百余种茄科植物和一些其他植物的青枯病；能引起果树的细菌性溃疡和根癌病。某些致病真菌污染土壤后能引起大白菜、油菜、芥菜、萝卜、甘蓝、荠菜等一百多种栽培的和野生的十字花科蔬菜的根肿病；引起茄子、棉花、黄瓜、西瓜等多种植物的枯萎病；菜豆、豇豆等的根腐病；以及小麦、大麦、燕麦、高粱、玉米、谷子的黑穗病等。此外，甘薯茎线虫、黄麻、花生、烟草根结线虫，大豆胞囊线虫、马铃薯线虫等都能经土壤侵入植物根部引起线虫病。土壤传染的植物病毒有烟草花叶病毒、烟草坏死病毒、小麦花叶病毒和莴苣大脉病毒等。

土壤生物污染间接或直接危害人体健康。土壤中致病的原虫和蠕虫进入人体主要通过两个途径：①通过食物链经消化道进入人体。例如人蛔虫、毛首鞭虫（Trichuris trichiura）等一些线虫的虫卵通过食物进入人体。②穿过皮肤侵入人体。例如十二指肠钩虫（Ancylostomo duodenale）和粪类圆线虫（Strongyloides stercoralis）等虫卵在温湿土壤里经过几天孵育变为感染性幼虫，再侵入人体。传染性细菌和病毒污染土壤后对人体健康的危害更为严重。一般来自粪便和城市生活污水的致病细菌属于沙门氏菌属、志贺氏菌属、芽孢杆菌属、梭菌属、丝杆菌属（Sphaerophorus）、链球菌属等。另外，随患病动物的排泄物、分泌物或其尸体进入土壤而传染人体的还有炭疽破伤风、恶性水肿、丹毒等疾病的病原菌。到20世纪90年代，已发现土壤中有100多种可能引起人类致病的病毒，例如脊髓灰质炎病毒（Polioriruses）、人肠细胞病变孤儿病毒（Eoho virus）、柯萨奇病毒（Cox_-ackie viruses）等。其中最为危险的是传染性肝炎病毒。

为了防止土壤生物污染必须采取综合防治措施，严格控制污染源，对污染物进行无害化处理，对污染土壤进行适当的消毒，以及采用合理的轮作措施等。