真菌侵染根部后，在根表面不形成菌丝鞘，只有松散的菌丝通过入侵点穿入根皮层细胞间及细胞内。根据真菌的结构不同又分为泡囊丛枝状菌根（简称VA菌根，见泡囊丛枝状菌根）、兰科菌根和杜鹃菌根。VA菌根由接合菌亚门（Zygomycotina）中的球囊霉目（Glomales）真菌侵染而形成。它们的分布和宿主范围远比外生菌根广泛，也是内生菌根中最为常见的类型。
真菌侵染根部后，在根表面不形成菌丝鞘，只有松散的菌丝通过入侵点穿入根皮层细胞间及细胞内。根据真菌的结构不同又分为泡囊丛枝状菌根（简称VA菌根，见泡囊丛枝状菌根）、兰科菌根和杜鹃菌根。VA菌根由接合菌亚门（Zygomycotina）中的球囊霉目（Glomales）真菌侵染而形成。它们的分布和宿主范围远比外生菌根广泛，也是内生菌根中最为常见的类型。从只具原始维管束的低等植物到高等植物，无论是被子植物或裸子植物；蕨类植物、苔藓植物或藤本植物等大多数显花植物都形成VA菌根。根内菌丝在皮层细胞内及细胞间扩展。进入细胞内的菌丝经过双叉分枝形成丛状枝，在细胞间或细胞内菌丝末端膨大而形成泡囊。兰科菌根是内生菌根中的一个特殊类型。兰科植物的种子很小，种子内贮存的养分甚至不能满足其萌芽阶段的需求，因此它们对菌根的依赖性特别高，从发芽到生长都必须从其他活有机体或土中残留的有机物中获得碳源，从这一点讲，它又具有腐生真菌的特点。兰科菌根真菌多属半知菌和担子菌亚门。菌丝侵入根皮层细胞内形成菌丝圈。它们在其他树木上又能形成外生菌根。杜鹃菌根主要形成于杜鹃科的小乔木或灌木上，它们大多生长在酸性草炭土中。菌丝侵入根皮层细胞形成菌丝圈。由于杜鹃科植物可同时受几种菌根真菌侵染，因此也有人把杜鹃类菌根和浆果鹃类菌根归在一类。
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