为纪念孙中山而命名的中国第一座国家植物园，位于南京东郊紫金山麓，明孝陵西侧。原为1929年创建的孙中山先生纪念植物园。1954年经国家批准，以前中央研究院植物分类研究所的华东工作站为基础扩建，由陈封怀、秦仁昌等学者筹划主持，定名为中国科学院南京中山植物园。1960年曾称中国科学院南京植物研究所。1972年改称江苏省植物研究所，又称南京中山植物园，成为园、所一体的多学科综合研究机构。该园占地186hm²，水面约13hm²，园内岗峦起伏，溪水潺潺，林木葱郁，风光旖旎，已成为钟山风景名胜区著名景点之一，也是中国北亚热带植物的研究中心。1994年有科技人员200余，高级研究人员60余名。全园现保存植物3000余种（含变种和品种），隶属于188科913属，约10万株以上。已建成各具特色的专类园（区）7个，即：园林植物区（占地13hm²）、植物分类系统园（6hm²）、树木园（10hm²）、药用植物园（2hm²）、自然植被保护区（100hm²）、经济植物选育区和试验苗圃等，还有展览温室1300m²，有热带、亚热带植物近千种。该园除试验研究区外，全年对外开放，接待国内外参观访问者，发挥了植物学、园艺学知识科学普及教育的作用。科研大楼和标本馆位于园林植物区的中心，设有植物分类、驯化育种、药用植物、地植物生态和植物化学5个研究室。蜡叶标本馆现保存标本60万份，为中国最大的标本馆之一。该园坚持科研为经济生产服务的方针，已取得科研成果200多项。共出版专著70余部，发表论文700余篇，并于1980年开始出版年报——《南京中山植物园研究论文集》，1992年开始出版季刊《植物资源与环境》。