世界约40种，中国发现近20种。1923年印度首次报道炭腐病，中国于1922年在台湾发现炭腐病。20世纪80年代开始，芝麻主产地河南和湖北系统开展芝麻病害调查和研究、综合防治工作，并从品种资源分析中获得一批极有价值的高抗抗原材料。

芝麻病害主要有苗病、叶部病害、茎基部病害等。

立枯病是苗病最重要的病害。病原菌是立枯丝核菌（Rhizoctonia solani Kühn），导致烂种、烂芽和猝倒。中国以江淮夏芝麻产区发病较重，多菌灵、福美双、退菌特等拌种，可减轻苗期病害发生。

叶部病害

主要有轮斑病，叶上产生同心褐色轮纹斑，茎上为褐色水浸状斑。病原物是芝麻生链格孢（Alternaria sesamicola Kawamura）。叶枯病多发生在芝麻生长中后期，叶上呈褐色角斑或近圆形斑。叶柄及茎秆上为红褐色条斑，蒴果上病斑圆形，红褐色。病原物是山扁豆棒孢（Corynespora sesamum Goto），病菌在种子、土壤和病残株中存活，潮湿条件下发病较重。尾孢叶斑病，病斑为边缘紫黑色，中央灰白色小型斑点。蒴果上病斑圆形，中央灰褐色，边缘黑褐色。病原物是芝麻尾孢（Cercospora sesami Zimm.），病菌在种子和土壤残株中存活，多雨潮湿环境有利发病。细菌性角斑病，叶斑受叶脉所限呈水渍状角斑，潮湿时有细菌溢脓，干燥时穿孔脱落。角斑病可致叶片枯死脱落，茎秆干枯，易炸蒴。严重时全株枯死。病原物是丁香假单胞菌芝麻致病变种[Pseudomonas syringae pv.sesami（Malkoff.）Young et al.]，病菌在种子和叶片上越冬，有2个生理小种（R₁和R₂）。

茎基病害

主要是疫病，在江淮芝麻产区严重。病害为害茎、叶和蒴果。茎基部受害后形成绕茎病斑，初呈深绿色水渍状，后变为黑褐色，皮层松软凹陷，纵裂缢缩。茎秆上部发病，可蔓延至蒴果。叶片感病后，形成较大黄褐色病斑，略显轮纹。病原物是烟草疫霉（Phytophthora nicotianae Breda var.sesami Pras.）引起疫病，病菌生长适温为28℃，以菌丝体或卵孢子在土壤中越冬，来年侵入茎基部。多雨潮湿条件，有利于病害发生。该病常导致全株枯死，对产量影响很大。

其他病害

芝麻枯萎病，由镰刀菌引起的维管束病害。病株的半边根条和茎秆一侧呈现红褐色干枯条斑，叶片也半边黄化，潮湿时病斑上出现红色霉层，维管束呈褐色，病株早枯。病原物是尖孢镰孢芝麻专化型（Fusarium vasinfectium Atk.var.oxysporum Schlecht.）分生孢子有两种：大型分生孢子镰刀形，无色，有2～3个隔膜，小型分生孢子卵圆形，无色单胞。病菌潜伏在种子、土壤和病残株中越冬，来年侵染幼苗的根。降雨多，土壤湿度大发病严重。芝麻病毒病是近年来发现的一种新病害，引起叶黄化和矮化枯死。该病曾在湖北、河南和江苏等省部分芝麻产区流行。一般不结蒴或结蒴少，籽粒秕瘦，对产量影响较大。此病在印度、日本也有报道。

芝麻病害的种类很多，但共同的发病规律与气候、品种、菌源和栽培管理等密切相关。病害盛发期多处于高温季节，温度影响不大，多雨高湿有利病害发生。干旱年份，芝麻生长衰弱也有利病害发生。芝麻品种间抗病性有明显差异，种植感病品种是导致病害流行重要因素。种子、土壤、病残株等带菌是翌年病害初侵染主要来源，生长期借风雨、昆虫、流水及农事操作传播进行再侵染。病菌在土壤中存活，连作地发病重。种植密度大的，发病重。偏施氮肥发病重，配合施用磷钾肥的发病轻。

经济有效的措施是因地制宜推广抗病良种。芝麻品种资源丰富，品种间抗性差异明显，这是有利的条件。栽培方面要注意合理轮作和施肥、排涝防渍、加强田间管理、清除病残株等。除药剂拌种防治苗病外，喷洒多菌灵、硫菌灵、退菌特等对成株期病害有较好防效。