病原物接种体从接触寄主开始，经侵入并在寄主体内定殖、扩展、进而为害直至寄主表现症状的过程，又称病程（pathogehesis）。侵染过程是寄主植物个体上的发病过程，包括病原物接种体与寄主植物接触、病原物的侵入，病原物在寄主体内的相互作用及建立寄生关系，病原物的生长繁殖与扩展，症状的显示和变化，以及环境条件对病程发生发展的影响等。侵染过程一般可分为侵入、潜育和发病三个时期。每一时期都有比较具体的特征或指标，但三个时期又是连续不断的，很难截然分开。

病原物的接种体降落或接触到寄主植物表面，经过相互识别和斗争，进入寄主体内，与寄主组织或细胞建立了寄生关系。无论是从越冬（越夏）处来的接种体，还是从初侵染造成的病株上产生的繁殖体，一旦接触到寄主植物表面，环境条件适宜，接种体即可从寄主表面的敏感位点侵入，或由传播介体直接将病原物（病毒）接种体送入体内。如水稻对白叶枯病菌的敏感位点是水孔，如果细菌未能接触到敏感位点（水孔）而进入稻叶气孔，则不能建立寄生关系。同样必须有足够的数量群体到达敏感位点，才能引起一个成功的侵染。病原物小种与寄主品种之间是否为亲和性组合，直接影响侵入能否成功及侵染成功的概率。而环境条件，尤其是温度、湿度常成为影响侵入成败的关键因素。

从病原物接种体侵入寄主建立寄生关系起，在寄主体内不断生长繁殖并扩展，直到寄主外表显现症状的时期，即病原物在寄主体内潜伏发育的阶段，又称潜伏期（latent period）。如接种体侵入寄主后未能与寄主建立寄生关系，侵入失败，病原物被排挤或围歼而死亡。在植物病毒学中，介体从病植物上吸食并获毒开始，病毒进入介体内部，经过循回与增殖，直到能从口器再次传出引起侵染之前的阶段，特称为循回期（celation period）。

潜育期的长短主要受寄主抗性强弱、病原物的毒性强弱和温度高低的影响。如不同小种的水稻白叶枯病菌在不同水稻品种上的潜育期3—15天不等，在18℃以下可能一直不发病，在30℃左右，感病品种上的潜育期只有3～5天，而在抗病品种上的潜育期长达7～15天。

指寄主外表显症的时期。绝大多数病害的发病期很长，从显症一直到收获或落叶。木本植物的丛枝、肿瘤等畸形症状，则保持终生不消退。绝大多数真菌病害的发病期内，还包含产孢期，即产生子实体的时期，由于真菌的子实体暴露在病部，构成了特征性的病变，因此，特称为病征。在细菌病害、病毒病害和类菌原体病害等，虽没有产孢期，但自建立寄生关系起，接种体数量就开始增加，而大多数真菌病害一般在发病后，病部才产生病菌孢子（繁殖体）。

发病期内病害症状的类型、严重度、产孢量和损失率等，受寄主抗性强弱、病原菌毒力强弱和环境条件适宜程度的影响。

在分析侵染过程或发病过程时，有时还专门对病原物未接触寄主前的状态进行具体分析，对于在接触前的这个阶段，有时称为“侵入前阶段。”详细分析并掌握该阶段病原物生长发育进程和接种体的产生或发育状况，介体种类及种群密度、寄主生育阶段、寄主的抗性水平、环境因子的配合情况等，对分析病害发生、控制或防治病害有着十分重要的意义。