在二倍体生物细胞或个体内，占据一对同源染色体上同一基因座的两个基因。它们以相同或不同的方式影响同一相对性状。如果这两个等位基因是相同的，该基因座为纯合子，例如AA或aa，称相同等位基因；如果这两个基因是不同的，则为杂合子，例如Aa，称不同等位基因。

一对不同等位基因，例如牛的无角基因（P）和有角基因（p）同时存在时，只有其中一个基因（P）的效应得以显示，这是完全显性，是等位基因之间相互作用的一种形式。有时杂合子表现双亲的中间状态，例如中国遗传学家陈桢让透明金鱼与不透明金鱼杂交，所产生的子一代是半透明鱼，透明程度介于两个亲本之间。但这并不意味着两个基因的混合。因为当子一代自交后，在子二代个体中，双亲的性状又重新分离出来。设T代表决定透明的基因，t代表决定不透明的基因，杂合子Tt表现为半透明，当杂合子相互交配，产生TT、Tt和tt三种基因型（表型）不同的子二代，即透明、半透明和不透明，其比例为1∶2∶1，这说明T（或t）对t（或T）显性不完全所致，这种遗传现象称为不完全显性。有时当两个亲本的性状，同时在子一代个体身上表现出来，而不表现单一的中间性状，例如让红毛短角牛与白毛短角牛杂交，子一代表现为红毛和白毛相间生长的沙毛牛，这种遗传现象称为共同显性，是等位基因间相互作用的另一种形式。中国遗传学家谈家桢在研究瓢虫鞘翅色斑遗传时，让鞘翅前缘呈黑色的“黑缘型”瓢虫与鞘翅后缘呈黑色的“均色型”杂交，子一代的表型既非黑缘型，又非均色型，而表现出双亲的性状，把双亲鞘翅斑纹巧妙地结合在一起，这种遗传现象称为镶嵌显性。

复等位基因（multiple allele），在一个群体中占据同源染色体上同一基因座的两个以上的等位基因。复等位基因的所有成员，只可能分布在群体中的不同个体中。对于一个只含有两套染色体组的二倍体生物，它只可能含有复等位基因中的任意两个。例如家兔的毛色有全色（全黑或全灰）、青紫蓝（银灰色）、喜马拉雅（耳朵、嘴端、四肢末端和尾巴为黑色，其余部位为白色）和白化构成一个复等位基因系列。杂交实验表明，从前到后形成一个具有显性系列的复等位基因（表）。

家兔毛色白化系列的表型和基因型

复等位基因的基因符号，一般用一个字母作为该基因的基本符号，大小写分别表示显性和隐性，不同的基因，就在字母的右上方作一不同的标记。由于多个基因不同组合相互作用，使表型和基因型更加多样化。家畜家禽的血型因子大都是由复等位基因所控制。