从事水产科学理论研究和应用技术研究的机构，主要以研究中心、研究所（站）、实验室或试验场（站）的形式出现。早在19世纪后期，有少数国家建立了有关生物站、实验室等；20世纪40年代以来，主要水产国家均建立了水产科学研究机构。

主要水产国家水产科研机构的类型大同小异。在隶属关系上，除全国性和地方性的水产研究机构之外，还有设在大学内的，也有工厂企业承办的、民间和私人承办的。一般分海洋渔业研究机构和内陆渔业研究机构。为了结合生产实际和便于管理，有的国家在海洋渔业机构中又按海区建立研究所，在内陆渔业研究机构中又按江河、湖泊、水库、池塘等分别建立研究所。此外，也有按某一学科、专业或水生动植物种类建立的，如按水产养殖、水产品加工、渔业工程、渔业教育等建立，不同国家情况各异。

分国立的、公立的、民间的和大学的四大系统。国立的有9个水产研究机构，隶属于日本农林水产厅。其中7个海区研究所是：东海区水产研究所、北海道区水产研究所、西南海区水产研究所、远洋水产研究所、日本海区水产研究所和东北海区水产研究所；2个专业所是养殖研究所和水产工学研究所。公立的89个水产试验站，隶属都道府县，分布在47个都道府县，大多是水产试验场：其中内陆水域试验场24处，加工利用3处。民间的研究机构属于有关企业和各种渔业团体。各大企业和渔业组织团体都有自己的试验研究组织。日本独立的水产高等学校和设有水产学部、学科的高等学校共有16所，结合教学从事有关理论和应用方面的研究。日本国立的各水产研究所都针对特定水域或专业的特点从事基础理论、应用理论和应用技术的研究。通过区域性会议与本地区各都道府县的试验研究机构开展协作和联系。都道府县的公立研究机构，结合本地区实际开展有关研究，并对生产单位进行技术指导。民间的研究机构主要是大企业为本单位进行开发研究而设立的。如日本水产（株）中央水产研究所、大洋水产（株）大洋研究所、宝幸水产（株）大和研究所等。