用于分析鱼类遗传表型差异的标志。即使在重组合情况下，亦能识别出是由哪些特定基因表达的表型差异。可作为遗传标记的都是同一个基因座位上具有控制多个不同表型的各个等位基因，即具有多态性的基因座位。

中国在金鱼的养殖中，很早就以体色的表型差异推断其基因型。以普通金鱼和透明金鱼杂交出现半透明五花金鱼，从体色的表型差异十分容易区别出哪些个体带有控制普通鳞的基因（t）和控制透明鳞的基因（T）。鲤的体色也是遗传标记。中国的鲤品种有青灰色和桔红色两种不同的颜色。桔红色的表型由两对隐性等位基因（rrbb）控制，青灰色的表型由两对显性等位基因（RRBB）或杂合等位基因（RrBb）控制。由两个青灰色的亲本繁殖出来的后代为红色个体时，可推断出两亲本的体色基因都应是杂合型的。这种控制体色表型的遗传标记在胚胎孵化期就可清楚地区分。只带有隐性体色基因（rrbb）的胚胎，除眼睛具有黑色素之外，全身透明无任何黑色素细胞，而只要带有任一显性体色基因（R或B）的胚胎，都具有黑色素细胞。

鲤的鳞被表型也是很好的遗传标记，由两对等位基因（A-a和N-a）共同控制。散鳞的表型是由两对隐性纯合型基因（aann）控制的；带形鳞的表型是由两对杂合型的基因（AaNn）控制的；裸型（革鲤）的表型是由一对纯合隐性基因和一对杂合型基因（aaNn）共同控制的；而普通全鳞的表型则是由一对显性纯合或杂合基因和另一对隐性纯合基因（AAnn）控制的。

自凝胶电泳分离蛋白质基因座位的技术发展以后，蛋白质的等位基因已被广泛用作遗传标记。鲤的运铁蛋白是由一个座位8个等位基因编码的。从鲤的运铁蛋白表型可以分别出由各种不同等位基因组合编码的个体。鲤的各种组织中的酯酶同工酶共有4个座位是多态性的，在血清中有一个多态性的座位（G）是较为理想的遗传标记，可以由血液检查表型而不致伤害鱼的生命。银鲫的酯酶同工酶也表现出多态性，6个座位中的Est4，Est5、Est6都是由两个等位基因编码的。根据这4个酯酶同工酶的不同表型，银鲫应划分为遗传性状稳定且生长速度显示差异的4个品系。多数非鲫没有种间的生殖隔离，当把不同的种引入同一池塘中饲养时，很容易发生种间杂种，毁坏原种资源。应用特异蛋白质作为遗传标记，就容易选留和保存未受异种污染的原种资源。

鲤的红血球表面抗原，依其不同的品种及自然种群，表现出明显的特异性差异，应用种内的血液凝集反应，或用以特定的红血球表面抗原制备的抗体与红血球进行凝集反应，都能区分出不同红血球的表面抗原。这一技术已应用于鲤的种内不同品系的鉴定。

遗传标记在淡水养殖鱼类的选种和培育工作中有着特别重要的意义。应用遗传标记可以使品种间的经济杂交易于管理和控制，能正确地选择体色、鳞被及其他等位基因不同的品种作为杂交亲本，容易做到亲本的保纯。在选种工作中，由于应用遗传标记，还可大大加速优良品种的纯化过程。