将有害的家畜废弃物转化为无害，保留原有营养成分，以使其被有效利用的措施。家畜废弃物中大量的是家畜的粪便，也包括死亡家畜的尸体。这类病死家畜尸体，一般采取焚烧或高压热处理。大型畜牧场每天生产的废弃物数量很大，是一项对环境重要的污染源。粪便处理方法要依据粪便含水量而定。当粪便中含固形物少于15%时，通常作液体粪便处理；当含有固形物超过20%时，通常作固态粪便处理。粪便经处理或加工后，可作为有机肥料，产生沼气或作为家畜和水生生物的再生饲料。经过处理后的粪便、污染水，应符合国家规定的排放标准。

固态粪便用作农田肥料：新鲜的粪便不宜直接施入农田，应先经过无害化处理后方可施用。通常采用堆肥法，借助好气性微生物的作用，不仅能杀死粪便中的细菌和寄生虫卵，并可将粪便分解成植物可以直接利用的腐殖质类肥料。采用堆肥法时，粪便中水分宜保持在40%左右；粪便腐熟的温度维持在65～80℃。传统的堆肥方法是将玉米秸秆或带小孔的竹竿插入堆肥中，以保持好气发酵的环境，约经4～5天就可使堆肥内温度升高至60～70℃，经两星期后即可达到均匀分解、充分腐熟的程度。

液态粪便处理主要包括：①粪便沉淀净化处理。将粪尿污水混合物引入沉淀净化池内，经过沉淀净化，使粪便中的固形物逐渐下沉到池底，上层澄清液通过溢水管流出，用于农田灌溉，或用泵输送至冲水清粪系统中循环使用。②发酵处理。建造沼气池，利用甲烷菌在适宜的温度、厌氧和碱性条件下，迅速分解粪便中的有机物质，同时产生沼气，兼有提供能源、肥料及改善生态环境的多种效益。③充气氧化处理。通过对粪液混合物的充分搅动，以提高氧气掺入速度和增加供氧量，以满足好气细菌的生化需氧量，从而加速粪便的分解和消化。充气氧化处理设施一般采用氧化沟和搅动粪液的搅动轮。氧化沟常与沉淀净化结合使用，经过氧化沟处理好的粪液放入沉淀净化池，上清液可抽出喷洒于田间，沉淀物则定期清除作为粪肥施用。④机械脱水处理。用机械脱水比沉淀净化处理、充气氧化处理快，设备也简单。

粪便用作再生饲料处理：家畜粪便经处理后，掺到饲料中再喂饲家畜，业已取得肯定的结果。在各种家畜粪便中，以利用鸡粪作为再生饲料的效果最好。用鸡粪作饲料所进行的处理，目的是为了达到去臭、灭菌、脱水，从而提高其利用价值和便于贮藏。方法有：①干燥法。鸡粪干燥，可以采用自然晒干，低温隧道式干燥，高温快速干燥和高频电流干燥等方法。其中以自然晒干法最为简便、经济、实用，但只能应用于小型家畜饲养场。这种方法是将收集的鸡粪单独或掺入一定比例的糠麸，拌匀后摊在干净的地方，经太阳晒干。晒干的鸡粪过筛除去砂石、羽毛等杂物后经粉碎，即可保存在干燥地方备用。可采用改进的塑料大棚进行自然干燥防止雨淋。②青贮发酵法。青贮容器可采用缸、池或青贮塔。先把鸡粪（70%）、草料或秸秆粉（20%）、糠麸（10%），按比例混合均匀，使水分含量保持60%左右，然后放入池或窖内，踏实，封严后经4～6星期即可使用。这种方法比干燥法省燃料、成本低、易于推广，同时也可达到去臭、灭菌的目的。③以鸡粪为饲料，培养藻类、饲料酵母，蛆、蚯蚓等。鸡粪-沼气-藻类的处理方法是，先将粪便经沼气发酵产生甲烷，回收能量；再利用发酵后的废液养殖绿藻。用这种方法可同时回收能量和生产藻类蛋白质。绿藻通过光合作用可以进一步吸收大量太阳能源，而且比一般植物生产效率高。鸡粪-饲料酵母的处理方法是，鸡粪通过振动筛分离出干物质，然后加5%的酵母菌做青贮发酵，同时将分离出的粪液导入发酵池，使其在15～30℃温度条件下发酵，再经100℃灭菌。然后转沉淀池沉淀，上面澄清液放出，下面沉淀物可直接喂猪。鸡粪-蛆的处理方法是，利用鸡粪生蛆。干蛆粉含蛆蛋白60%，与淡水鱼粉相近。一般7千克鸡粪（含水65%～70%）可以生产1千克鲜蛆，4千克鲜蛆可以制成1千克干蛆粉。鸡粪-蚯蚓的处理方法是，鸡粪经发酵处理后，可作为饲料养殖蚯蚓。用发酵鸡粪饲养蚯蚓，其效果与猪粪马粪相当。