形态上成熟的种子萌发前内部进行能导致种子萌发的生理变化。有些果树的种子必须在完成后熟作用后才能发芽、生长。

大多数落叶果树的种子是在秋季或深秋季节成熟，临近冬季恶劣的环境条件下不利于果树生长，在长期的系统发育过程中，果树获得了休眠特性，以此来适应逆境，保存自身。所以这类果树的种子，从形态上看，胚、胚乳以及其他部分的构造都是完善的，但因含有阻碍萌发的物质，种子的胚处于深休眠状态，这样的种子，即使让它充分吸水，并置适于发芽的环境中，也不会发芽，必须在一定的条件下，生理上发生一系列变化，完成后熟作用，解除休眠状态，才能发芽、生长。而大多数常绿果树的种子没有后熟过程，种子形态成熟之后，只要环境条件适宜即可萌芽、生长。

后熟中的种子。在较低温度的作用下，水分由珠孔进入内部，使种皮软化（仁果类）或种壳胀裂（核果类），通气得到改善，胚的呼吸强度增大，提高了细胞膜的透性及酶的活性，种胚及下胚轴中抑制胚活动的根皮苷、内种皮中的脱落酸减少；核糖核酸（RNA）及脱氧核糖核酸（DNA）增加；淀粉转化为糖；蛋白质转化为可溶性氨基酸；脂肪变为脂肪酸；开始了旺盛的生理活动，种子才能萌芽生长。

果树种子完成后熟作用要求的条件因树种而异，有的只需要一定的低温就可以完成后熟，如核桃。但大多数树种需要2～7℃的低温和适宜的湿度，时间的长短因树种而异（见层积处理）。

生产上常用的促进果树种子后熟的方法有：①利用层积处理或低温存放种子；②进行秋播（中国温润气候区及冷凉湿润气候区）利用自然界冬季的低温、雨雪，促进种子后熟；③对具有坚硬种壳的种子，如山楂、桃等。在层积处理或秋播前，结合使用机械、药剂或变温处理等方法，破坏种壳，才能更好地促进种子的后熟及萌发。