成熟的胚珠。是植物有性繁殖的器官，由胚珠经受精作用发育而成。种子包含种皮和胚，有的种子还有胚乳。胚是种子最主要的部分，包括胚芽，子叶、胚轴和胚根。种皮上有种脐，是种子由胎座上脱落的痕迹，葡萄种子上突起的部分称为喙，是发根的部位。种子的结构适应于发挥各种功能，越冬、休眠、传播和繁殖。各种果树种子的形态、大小、习性和贮藏物质相差很大。

果树学上的种子和植物学上的种子，含义并不完全一致。果树生产上所指的种子，有时是指果实，如栗、核桃、榛；有时把内果皮包括在内，如桃、杏、梅、枣、油橄榄等：有时仅指种子的一部分，如石榴。

种子也是营养物质的贮藏器官，一般含有淀粉、糖类、脂肪、蛋白质和矿物质等，既是供种子发芽及幼苗生长所需用，也是供人食用的果品或作工业、医药的原料。种子形成初期可产生赤霉素，并诱发产生吲哚乙酸，以促进果实的生长发育。果树多数为异交作物，种子繁殖常发生变异，因此主要用以繁殖砧木或供实生选种。

果树种子一般经历生理成熟和形态成熟两个阶段。生理成熟是指胚已成熟，具备发芽能力，但其内部营养物质尚处于易溶状态，含水量高，种皮易失水，有机物也易渗出，易受微生物侵染，此时播种容易发霉、腐烂。生理成熟后，种皮、胚逐步完成其发育，水分减少，所含营养物质转化成淀粉、蛋白质或脂肪，成为不溶性物质，生理生化作用减弱，种皮不断致密变褐，不易失水、渗溶和霉烂，进入形态成熟阶段。生产上，常待种子形态成熟后才采收，有利于贮藏。通常，形态成熟在果实成熟前已完成，但部分早熟品种，果实虽已成熟，而种子并未随之成熟。

多数温带果树的种子在形态成熟后，进入生理休眠阶段。影响种子休眠的因素：①果皮或种皮坚硬，密封性好，或含有蜡质或革质化，使水、气不易通过，可以较长期保存。②种胚需要继续发育，如银杏种子从母体脱落时，种胚尚小，需经数月才能充分成长，才具萌发力，油棕则需几年的后续发育。③在生理生化上成熟过程的逆转，需要一定的积温。常绿果树的种子一般无休眠期或休眠期很短。种子采收后，只要播种条件适宜，随时可以发芽。