查清和整理一个国家或一个地区范围内果树种类和品种的数量、分布、特征和特性的工作过程。是种质资源研究的基础工作。

世界各国都很重视本国的果树资源，进行了许多调查工作，以便更好地利用。为了引种、育种方面的需要，还向本国以外地区，特别是各类果树的栽培起源中心和次生中心进行调查（见栽培果树起源）。这些调查的目的，一般在于了解资源情况，调查后作出调查报告或进一步编写果树志等，供果树生产规划决策或开发、利用的参考。调查中虽然也采集、制作植物标本、果实标本等，但并不一定收集和保存活的材料。如中国于1956～1962年曾在全国范围内开展了果树资源普查工作，发现和整理了果树品种多至万计。除了全国和地区性的普查外，还有一些专门性的果树资源调查，如野生果树资源调查、苹果砧木资源调查等，这些调查结果，都是果树种质资源研究的基本资料。另一类调查，目的在于提高果树生产，改进果树品种，有计划地调查、收集有用的育种原始材料。在调查的同时就重视收集活的材料，随后加以选择、试验、利用。如苹果抗寒砧木资源调查、果树抗病虫害种质资源调查等。根据既定目标，调查的目的更为具体明确。这类调查虽然收集活的材料，并且加以利用。但由于应用目标很明确，一般并不长期保存它们。

鉴于植物种质资源不断损失的严重性，人们对保存种质资源的工作，日益重视，对各种作物种质资源的调查有了新的发展。美国从1958年起确立了用种子来长期保存种质资源的体系，使调查、收集起到为人类未来需要服务的作用。1970年以后，许多国家相继设立了种质库。收集和保存的范围较过去的一般品种资源圃大为扩大，成为永久性的种质资源保存中心。

比起农作物来，果树种质资源的调查、探索工作要落后许多。世界上许多果树的种质在没有充分利用或没有被充分调查了解之前就已归于消失。许多地方品种，加上相当大一部分果树种质资源，一度曾被调查和收集，随后又因育种工作者未能从中得到所寻求的性状而丢失。从丰富种质资源角度看，都有必要长期保存。为了保存包括无性系在内的种质资源，许多国家已建立起果树种质库。

根据近代果树种质资源保存的原则，现在对果树种质资源调查的要求，其重点和方法都有了很大发展。过去的调查大多重视现有栽培品种，忽视近缘野生种和一些有若干缺点的地方品种。为长远利益计，近缘野生种和各地发展了的原始栽培品种、地方品种特别值得珍视。过去果树种质资源调查大部分采用群体的偏倚取样。调查者寻找的是某些特殊性状，而这些性状在自然界是否存在、是根据植株的表现型来判断的。这种方法完全忽视了杂合性强的果树植物的隐性基因。种质资源调查的最终目的不仅要求解决当前存在于果树生产、育种上的各种问题，还要能提供未来的、目前还不能预见的潜在的需要。偏倚取样的对象，只调查收集那些主观上认可的表现型性状和近期所期望的材料，因此这种方法有局限性。为此，果树种质资源的探索者就推荐了随机取样的方法。这一方法做起来虽然较复杂，但对保存种质的多样性更为有效，特别对于野生果树和一些至今还用种子繁殖的果树（如坚果类等）更有必要。但并不意味着完全摒弃偏倚法，因为对于那些在个体价值很容易辨认的情况下，它仍是很简便有用的方法。

调查、采集和保存果树种质资源的基本要求是能代表遗传的多样性。根据土耳其伊兹密尔农业研究和引种中心的经验，应该在调查中特别重视有可能获得特殊种质资源的地区。例如土耳其的9个农业地区都有核桃的分布，表明当地核桃种质有显著的适应性。而土耳其的4个主要地区有24个不同气候型，因此在东北部的抗寒型和东南部的耐旱型就值得注意去探索。又如土耳其的欧洲栗的总产量中只有2%来自4个东南部农业区的少数栗树；但由于当地夏季高温和少雨，这启示人们可以从这一地区获得潜在的抗旱品种和有用的种质资源。调查还要特别重视种质集中地的边缘地区，那里的品种、类型常常具有重要的抗病性。少数民族聚居的地方，由于风俗习惯、文化传统的不同，往往保留不少很有价值的原始栽培品种和特殊类型。古寺庙、陵园、古典园林和名胜区的调查也十分重要。这些地方常保存有古树名木，在其他地方久已失去这类有价值的种质资源。

与一般引种不同，考虑到果树种质的多样性，调查、采集方式自20世纪80年代以来，变化很大。按照经典分类及其习用的方式，对一个分类单位，只调查收集有限几个样本已足够。现在对果树，特别是野生果树和地方品种，要很好地调查其变异幅度，再确定取样采集。从保存种质要求看，调查取样太少就不能达到目的，所以要求对较大的群体，作细致的调查，才能把变异性保留下来，避免种质损失。

需要同时进行活植物标本采集的调查，以及由于调查区域地理环境，交通情况等估计很难再次进行调查采集的地区，应注意确定最适当的调查时间。通常对热带雨林应在雨季后进行：温带主要在秋季进行，利于同时收集种子、果实；凡需采集营养器官的，更需注意保障调查，采集到的材料能够成活。对于抗逆性种质资源的调查，除了前述注意选择地区外，抓住时机，在出现特殊灾害性年份，如大寒、大旱年份之后进行调查，往往可以得到依靠实验技术多年也难以获得的可贵资料。