中国农业科学院直属的研究所之一。1960年3月建立，原名中国农业科学院果树研究所郑州分所，位于河南省郑州市南郊，1979年3月改名为中国农业科学院郑州果树研究所，第一任所长是张子明，现任所长黄学森。

该所以浆果、核果、瓜类为主要研究对象，面向全国，以应用研究为主，有重点地开展应用基础研究，着重研究解决葡萄、桃、瓜类生产中的重大科技问题；同时综合运用科技成果，大力进行开发研究。开展了葡萄、桃、瓜类、苹果砧木等种质资源的收集、保存和评价研究；葡萄、桃、瓜类、猕猴桃和中国中部地区苹果、梨新品种选育及遗传规律研究；组织全国葡萄、桃、猕猴桃和瓜类重点科技项目的协作。

该所设有品种资源研究室、栽培研究室、土壤肥料研究室、植物保护研究室、砧木研究室、果品机械化研究室、果品加工研究室、瓜类研究室和情报研究室等9个研究室。有实验用地41.5公顷。1988年有职工267人，其中科技人员152人，包括高级科技人员26人。从1982年开始培养硕士研究生。

该所建有国家葡萄、桃种质资源圃，收集有葡萄、桃种质资源1330份：樱桃、猕猴桃、西瓜、甜瓜等种质资源1260余份。

1960年以来，该所在果树和瓜类的研究上取得的科研成果42项，其中扶国家和省级奖励的科技成果20项。这些成果大多数在生产上已广泛应川例如育成的葡萄优良品种郑州早红、西瓜优良品种郑州3号、苹果优良品种伏帅以及优良黄肉桃品种等，都已在生产上推广，并发挥了良好作用在栽培技术方面，通过系统研究，总结出了适于中国中部地区应川的成套苹果矮化栽培技术，还研究出了对葡萄炭疽病、桃小食心虫、枣尺蠖、柿蒂虫的有效防治措施。

多年来该所围绕当地果树生产上存在的重大科学技术问题开展研究工作，培训技术人员，普及果树科学知识，建设示范果园，促进了当地的果树生产，在黄河故道地区发展成中国新的苹果、梨、葡萄生产基地方面做出了贡献。

该所编辑出版有《果树科学》和《国外农学——果树》两种杂志。编著有《中国果树栽培学》（与中国农业科学院果树研究所、柑橘研究所共同主编）、《中国病虫防治》、《落叶果树种类学》和《苹果栽培技术》等书。