中国农业科学院直属的研究所之一。1960年10月建立，位于四川省重庆市北碚区歇马镇。第一任所长曾勉。

该所主要以柑橘及其近缘植物为研究对象，收集、保存、评价柑橘遗传资源，改良接穗品种和砧木，研究提高柑橘果树产量、品质和防治主要病虫害、果园杂草及其他自然灾害的关键技术，研究产品包装、贮运及加工利用。

该所设有品种资源、遗传育种、栽培、土壤农化、植物保护和贮藏加工6个研究室，还设有试验场、实验技术室和科技情报图书室。1988年有职工450名，其中科技人员110名，包括高级研究人员26名。试验用地面积80公顷。

中国国家柑橘种质资源圃设在该所。收集保存柑橘种质资源1200份。1960年以来通过野外调查与采集，发掘并鉴定出一批柑橘野生种和新的资源。对保存的种质资源进行了系统的鉴定、评价和利用研究；通过人工杂交、理化引变培育出一批无核、优质、丰产、特殊采收期和抗逆性强的品种（系）；采用组织培养技术从胚乳中诱导成苗三倍体植株，并开展愈伤组织继代培养等研究；研究柑橘栽培生理、植物激素应用，经过田间实验提出不同条件下达到柑橘丰产的综合措施；针对中国柑橘产区的不同土壤类型，研究提高柑橘园土壤肥力的技术措施，包括柑橘菌根及其他土壤微生物的利用及微量元素营养。系统研究了中国柑橘主要病毒类病害的分布、发生发展规律、传病媒介、指示植物鉴定、茎尖微芽嫁接和其他培育无病毒苗木及综合防治技术。柑橘其他主要病虫害及生物防治技术也设有专题研究。对柑橘采后主要研究鲜果保存技术，使甜橙采后在自然通风贮藏库条件下，保鲜期达150天，损失率控制在10%以内，同时开展了果品综合加工的研究。此外，进行关于发展中国柑橘生产的宏观战略研究。

该所与美国、日本、意大利、法国、西班牙、澳大利亚等国家及国际柑橘学会、国际园艺学会、国际柑橘病毒学会、国际植物遗传资源委员会（IBPGR）等国际学术团体开展学术联系和交流。

该所在柑橘主产区设有技术示范基点，以尽快推广科研成果。所内设有柑橘技术培训中心，招收来自全国各柑橘生产省（自治区）的学员进行培训。该所在中国农业科学院统一安排下承担着硕士研究生的培养任务。主编《中国柑橘》季刊，编辑《柑橘科技文摘》。