国家建立或承认的负责收集、保存果树种质资源的机构。由于大多数果树是多年生木本植物，因此栽植保存成为果树种质资源主要保存方法（见种质资源保存）。国家果树种质资源圃的任务是收集和保存国内和世界果树植物的栽培品种、砧木类型以及具有潜在利用价值的各种果树种类；掌握国际、国内果树种质资源研究信息；对果树种质资源进行评价；提供研究果树种质资源的试材；通过观察和评价向果树生产和育种等方面提供良种与资料；研究、改进保存技术等。

20世纪50年代，中国开展了果树种质资源普查工作，在此基础上各地都收集和保存了一部分地方品种，及在育种上有利用价值的原始材料。中国农业科学院果树研究所、柑橘研究所、郑州果树研究所建所后，以及各省（自治区）、市果树科研单位、根据科研工作的需要，先后设置了保存范围和规模不等的品种园，当时也称为果树原始材料圃。1979年中国农业科学院主持召开1981～1985年果树科技规划会议，由中国农业科学院果树研究所根据50年代国家提出建立国家果树原始材料圃的长远规划，制定提出国家果树种质圃的规划布局方案。得到农业部的批准。从1979年开始，以农业部与地方（省、自治区、市）投资合办的方式，加上中国农业科学院直属的3个果树研究机构、共着手筹建15个国家果树种质资源圃（见图）。1987年开始起用《国家果树种质资源圃》名称，1989年全部通过国家验收（见表）。截至1989年末，共计收集、保存苹果、梨、柑橘、葡萄、桃、李、杏、柿、枣、栗、核挑、龙眼、枇杷、香蕉、荔枝、草莓16个主要树种，和云南特有果树砧木资源、新疆名特果树、以及寒地果树，涉及31个科58个属的果树种质资源8900余份，圃地面积共120多公顷（其中保存圃约107公顷，引种观察圃约14公顷）。拥有实验室（包括温室、网室）约5700平方米；从事果树种质资源研究的科技人员110余人。

中国国家果树种质资源圃分布图

中国国家果树种质资源圃简况（1989）

建圃的同时，还对收集到的种质资源进行了登记、鉴别和分类整理。开展了系统观察和评价研究，提出了较为完整的研究内容和程序；积累了丰富的标本、图片、影像、文字记载等档案资料，其中柑橘、苹果、梨、桃、葡萄等树种的数据资料已输入电子计算机。国家果树种质资源圃建成后，还向果树生产和科研部门多次提供良种良砧、种质材料，在生产、科研、教学和国际交流中开始发挥作用。

中国国家果树种质资源圃保存树种的范围和数量已具有一定规模，在鉴定、评价和保存方式的研究等方面，正逐步深入开展工作。国外国家果树种质资源圃（见种质库）。