可用来判断某些环境类型和特征的生物。由于某种特殊环境中，只能生存某些生物，因而在生态学研究中，常利用对某种特殊环境反应敏感的生物作为指示物来判断环境特征并对环境作出评价与分析。

香茨（H.L.Shantz）1911年和克莱门茨（F.E.Clements）1916年在美国西部曾用植物作为水和土壤状况的指示生物。梅里安（C.H.Merriam）1894年，1899年提出利用脊椎动物和植物作为温度带的指示生物。在指示生物中，狭适性生物常比广适性生物有较好的指示性，大而稳定的生物种比小而不稳定的生物种有较好的指示性。罗森（D.S.Rawson）1956年发现，没有一种藻类可以用做湖泊的指示生物。其次生物群落比单个物种具有更为可靠的生态指示性。埃伦伯格（H.Ellenberg）1950年证明，野草群落的种类组成，是陆地潜在农业生产力的最好指示生物。

指示生物中常用不能移动的植物作为指示生物，因此对指示植物的研究和应用，较为广泛。如根据各种植物对土壤酸碱度的反应不同用来指示土壤环境特征（表1）。利用某些对有毒气体反应敏感的植物，作为大气污染的指示生物（表2），用于对环境污染的监测。

表1 土壤指示植物

表2 大气污染指示植物

在环境保护工作中，20世纪初德国科学家柯克维茨（Kolkwitz）和麦尔松（Marsson）提出了污水生物体系法，用指示生物评价水体污染和净化程度。将河流被污染后，在其下游流程内，水体发生污染程度逐渐降低的自净过程，分为四个连续污染带，研究各带特有的指示生物（表3），用这些指示生物，指示水域环境的污染程度。

表3 污水体系各带生物特征

指示生物除用于指示环境特征外，还可用于指示地震和采矿。在地震预报研究中，已报道许多动物在地震前出现反常行为。如鲶鱼、鲭鱼、鳗鲡、鳝鱼、泥鳅等的翻滚跳跃，生活于海底的龙虾、乌贼和河塘深层的鲤鱼、鲫鱼浮于水面。老鼠和鼬鼠突然逃跑，犬狂吠，马惊嘶，驴乱叫，蛇、青蛙、蚯蚓、蜈蚣大量出洞，鸡、鹅乱鸣，这些都可作为地震的预兆。

某些植物还可作为采矿指示物。坎农（H.L.Cannon）发现松、桧等深根性植物，在铀的沉积物上面生长，其地上部分含有较高浓度的铀。以叶片灰分中铀的含量大于2pprn，作为铀的地下埋藏量已达开发价值的指标。此外，某些生物的行为，还可用来指示天气状况。如“蚂蚁搬家，蛇过道，大雨快来到”；“喜鹊早晚叫，天气晴得牢”；“蚯蚓出洞，无雨必风”等。