一定生态环境条件下的微生物数量、种类及其相互关系。自然界的生态环境千差万别。各种生态环境中，如土壤、水体、肠道等都有其特定的微生物区系。根据环境特点采用合适的培养基分析该环境中各类微生物的组成，以及它们在数量和类群上的特点称为微生物区系分析。通过区系分析可了解各种生态环境中微生物的特点与外界环境条件的关系。
一定生态环境条件下的微生物数量、种类及其相互关系。自然界的生态环境千差万别。各种生态环境中，如土壤、水体、肠道等都有其特定的微生物区系。根据环境特点采用合适的培养基分析该环境中各类微生物的组成，以及它们在数量和类群上的特点称为微生物区系分析。通过区系分析可了解各种生态环境中微生物的特点与外界环境条件的关系。这是人类有意识地控制微生物的生命活动，发挥它们的有利作用，防止它们的有害作用的科学基础。
土壤是一个极为复杂的自然体，没有任何一种培养基或培养条件能同时培养出土壤中所有的微生物，因此，进行土壤微生物区系分析时需采用多种培养基和培养方法去培养土壤微生物的不同类群，并了解它们在数量上和生理上的特点。通常的方法是，除采用普通培养基分别测定好气性细菌、放线菌和真菌的总数外，还需采用选择性高的培养基和特殊培养方法测定不同的生理群及它们的数量。通常测定的类群包括固氮细菌类、氨化细菌类、硝化细菌类、反硝化细菌类、硫酸还原细菌类、纤维分解细菌类、纤维分解真菌类、厌气性细菌类等。
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