孢子由单细胞的孢子母细胞形成，只具有一个孢质和一条极丝的寄生性原生动物。孢子小，呈球形，或圆筒形，只有一个瓣，内含一条细长的极丝和一个具感染性的孢质。寄主单一，主要寄生于昆虫的消化道上皮细胞和鱼类的皮肤和肌肉中，也见于环节动物和其他无脊椎动物。
孢子由单细胞的孢子母细胞形成，只具有一个孢质和一条极丝的寄生性原生动物。孢子小，呈球形，或圆筒形，只有一个瓣，内含一条细长的极丝和一个具感染性的孢质。寄主单一，主要寄生于昆虫的消化道上皮细胞和鱼类的皮肤和肌肉中，也见于环节动物和其他无脊椎动物。孢子被宿主吞食后，虫体进入肠道上皮并通过血液或体腔到达特定的组织，在寄主细胞内生长发育，并反复进行无性分裂繁殖，每次产生2到多个个体，最后成熟的营养体经有性生殖产生合子，再产生孢子。感染的症状是病变组织肥大。如微粒子虫属（Nosema）和格留虫属（Glugea）。
微粒子虫属的孢子卵圆形或椭圆形，能在宿主细胞中进行反复无性分裂，每个母孢子发育为一个单个孢子，种类多。如蚕微粒子虫是引起家蚕微粒子病的病原体，可侵入各个发育阶段的宿主组织，晚期病蚕的全身有棕色小斑点出现。多不能吐丝结茧或结茧松散，不成蛹而死亡。另一种寄生于蜜蜂的蜂微粒子虫侵袭蜜蜂（尤其是工蜂）的肠上皮细胞，使之下痢而死亡。
格留虫属的孢子为椭圆形，每个母孢子发育为2个孢子。被寄生的宿主细胞极为肥大，呈囊肿状白点。多寄生于鱼体组织内，如赫氏格留虫严重危害白鲢生殖腺或青鱼的脂肪组织。
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