除日光能外，输入生态系统并能提高生物生产力的其他形式能源的统称，也叫补助能、补加能或支持能。辅助能的输入可减少生态系统内部用于自我维持的消耗，提高生物对日光能或食物能的转化效率。

辅助能可分为自然辅助能和人工辅助能两大类。前者主要源于自然力的作用，如热带雨林中频繁的风雨、河口湾的潮汐涨落、低湿沼泽地的水肥汇集等，这类自然辅助能的输入，使生态系统具有较高的生产力；后者主要指人类生产活动投入生态系统的能源形式，如人力、畜力、机械的作业和水、肥、农药的施用等，即农业上通常所说的辅助能。人工辅助能依照来源，一般区分为可再生能源和不可再生能源两大类。可再生能源除风能、水能、地热能外，主要指生物能，包括投入系统的劳力、畜力、农家肥，以及种子、饲料等。其中种子、饲料所代表的已经不完全是辅助能，它们本身就是被转化的日光能的一部分。不可再生能源主要指工业能或化石能，包括石油、煤炭、天然气、电力等形式的直接能源，以及化肥、机械、农药、塑料制品、生产设施等形式的间接能源，后者是以消耗一定数量直接能源为代价而制成的。农业生态系统大多是开放的，其人工投能又可分为内部投能和外部投能两大类；前者主要指来自生态系统本身的生物能或其他可再生能源，后者指自系统外输入的工业能或其他不可再生能源。由于工业能具有优质高效的特点，在外部投能中占重要地位，所以一个生态系统的外部投能水平和特点，对其生产力和稳定性影响极大。

辅助能对生态系统的作用，主要是强化日光能的转化过程。自然界凡是有辅助能输入的系统，大多是高产系统，其主要特征是自养和异养呼吸消耗减少，净生产力提高。在农业上，辅助能主要用来改善系统的功能，加强和代替人畜力，以提高工作效率和经济产品的产量。现代农业投入辅助能的作用，主要表现在以下几方面：①引进新品种和新的物种，改善农业生物的遗传适应性和资源利用转化能力；②施肥、灌溉等资源性投入，用于改善水分，养分等生活必需资源的供应，保证有机物生产的顺利进行；③农业机械和工程等设施性投入，提高了劳动生产率，为农业生物创造良好的物理环境，特别是农田土壤环境；④农药和防治、医疗技术的投入，用于控制病、虫、草等有害生物的发展，提高农业生物种群和群落的净生产力。

农业发展的不同阶段，辅助能投入的方式与水平变化很大。原始农业依靠简单的劳动与工具进行生产，投入农田的辅助能很少，生产力低下。传统的有机农业投入辅助能的数量增多，但多属于劳畜力、有机肥等低效的生物能形态，整个系统处在以内部投能为主的半封闭循环状态，生产力水平受到限制。现代农业投入辅助能的方式主要是优质的工业能或化石能，生产力水平随着辅助能质量和数量的提高急剧上升。但化石能源是一种不可再生能源，地球贮量日趋减少，用于农业投入的工业品价格不断上涨，农业的进一步发展面临新的抉择。控制外部投入辅助能的数量和类型，进行合理搭配，减轻投能不当引起的生态失调，实现农业的高产高效，是现代农业必须解决的重大问题。

辅助能的效率，通常以产出经济产品含能与投入工业能的比值表示，简称能量比或能效率。现代农业技术条件下，按投入单位化石能得到的经济产品能的能效率计，大田粮食作物平均为3～4，变化幅度在1～6之间；畜产品的能效率按可食能计，大约只有大田农产品的1/10。就整个农业生态系统而言，欧美发达国家生产1千卡食物能（包括农、畜产品在内），平均需投入化石能约2～3千卡；如果把产后的运输、加工、贮藏、销售以及家庭制作耗能计算在内，则摆到餐桌上的每千卡食物能所用去的化石能可达10千卡左右。中国进入20世纪80年代以来，单位面积农田化石能投入量开始接近发达国家平均水平，全国平均为3～5百万千卡/公顷。某些高产地区，包括北方灌溉地区，化石能投入水平可达10～15百万千卡/公顷以上，能效率趋于下降。中国南北方集约农业条件下生产1千克粮食所消耗的辅助能，也已达到欧美发达国家80～125克石油当量的平均水平。

现代农业生产力的发展证明，在一定投能范围内，农业产量可随辅助能投入水平提高而增加，能效率保持在相对稳定的水平。投能超过一定限度或投能措施组合不当，反而使增产幅度下降甚至造成减产，能效率也相应降低。根据生产目标、资源特点和生产发展水平，寻求辅助能投入量和投入组合的最佳配比，是充分发挥辅助能增产作用，提高能效率的关键。