对收集到的大量农作物种质资源进行分类、核实、登记、编号，田间种植、观察、鉴定，淘汰重复材料，并在取得较完整资料的基础上建立种质资源档案和性状数据库，编写品种目录和品种志等一系列工作。其作用是使种质资源的各种特性有案可查，便于育种和其它研究工作的检索、利用。
对收集到的大量农作物种质资源进行分类、核实、登记、编号，田间种植、观察、鉴定，淘汰重复材料，并在取得较完整资料的基础上建立种质资源档案和性状数据库，编写品种目录和品种志等一系列工作。其作用是使种质资源的各种特性有案可查，便于育种和其它研究工作的检索、利用。种质资源整理包括以下4个主要环节：
将收集到的作物种子、苗木、无性繁殖体等参照品种登记表或原始记录等资料进行初步分类、核实、登记、编号（临时号）。
经初步整理的种质资源需在田间种植2～3年，进行系统的观察鉴定，收获后进行室内鉴定。田间种植应尽可能给予较好条件，将原产地相近、品种名称相同的材料相邻种植，便于比较异同。经过全面的观察鉴定，对同名异物材料和异名同物材料作出判断，淘汰重复材料。对保留材料给予永久编号。
将经过观察鉴定所得资料建立种质资源档案，每份种质一份。档案内容包括编号（临时号和永久号）、名称、系谱、原产地（地理位置、国家、行政区）、种质类别（地方种、育成种、外引种等）、植物学分类、形态特征、生物学特征（生育期、冬春性、阶段发育特性、农艺性状、抗病虫特性、抗逆性等）、品质性状等。随着遗传学的发展，还可包括染色体数目、染色体组、所含基因符号、DNA碱基序列等。
为了便于利用种质资源档案，可根据需要，建立各种检索卡片，如按永久号、资源名称、原产地、某些重要性状排列的检索卡片。许多发达国家和世界性研究中心都将种质资源档案所储存的信息输入电子计算机，建成种质资源数据库，供随时按不同系统检索，便于种质资源的利用（参见种质资源数据库）。
将有关种质资源的信息编辑成种质资源目录或品种志出版，有利于扩大种质资源的利用，促进国际、国内种质资源交换。
20世纪80年代以来，中国陆续出版了各种作物的全国种质（品种）资源目录。不少省、市、自治区出版了本地的作物种质资源目录。目录多采用表格形式，包括编号、品种名称、原产地和主要农艺性状。国外对农作物种质资源收集整理也十分重视。国际遗传资源委员会对世界各国收集到的小麦、大麦、燕麦等作物进行了整理归类，淘汰重复。很多国家编写出版了种质资源目录，其中种质数量较大的有1975年日本出版的《种子保存目录》、西非水稻发展协会出版的《水稻资源目录》、加拿大出版的《加拿大燕麦遗传资源目录》，1986年国际干旱地区农业中心出版的《大麦种质目录》等。
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