利用各种育种途径改良或创造新品种所经历的工作过程。由若干循序进行的工作环节和与之相应的试验圃所组成。一般育种程序除引种外主要包括发现或创造变异、选择与鉴定变异、新品系的产量比较三个主要环节。

引种程序简单，是将引进材料中表现较好的一些品种进行由初级至高级的产量比较试验2～3年，选出若干有可能为生产利用的品种送交区域试验。

选择育种程序依选择方法而异。单株选择法程序是在某特定品种中选择所需的株、穗、铃、块茎、块根、枝条等天然变异个体，种成株行（穗行、铃行、无性系）供鉴定评选。自花授粉作物只需经一次选择，常异花授粉作物在控制授粉条件下一般要经一次以上选择，所获品系通过由初级至高级的产量比较试验2～3年，选出符合育种要求的新品种送交区域试验。种植和鉴定个体后裔的试验称选种圃。异花授粉作物通过连续自交和单株选择，只能获得优良自交系，可作为杂交种的亲本，不能直接用于生产。混合选择法程序简单，只需将所选个体混合种植成区，同时与原品种进行产量比较试验1～2年，以选出比原品种优越的混选品种。

杂交育种程序，首先通过人工创造变异，然后在杂种分离世代逐代或间接进行选择与鉴定，使控制主要性状的基因由杂合逐步趋于纯合，从而选育出符合育种要求的品系。最后进行由初级至高级的产量比较试验2～3年，以选出若干优良品种送交区域试验。

人工创造新类型的途径有品种间杂交、远缘杂交、理化因素诱变、组织培养产生变异等，其中以品种间杂交应用最为普遍。各类育种程序和做法又因繁殖方式和授粉方式不同而有所区别。自花授粉作物的品种为纯合群体，亲本杂交后通过精心选择即可望育成新的纯合品种。其育种程序较为典型和常见。常异花授粉作物可采用类似方法，但需注意每代自交留种。异花授粉作物的品种为杂合群体，一般自交表现不亲和或生长势衰退，两个亲本杂交后在控制授粉条件下通过混合选择或轮回选择可以育成新的杂合品种。其育种程序与混合选择相同或类似，但加上个体选择、配合力鉴定、随机互交相结合、轮复一轮循序前进逐步提高群体素质的轮回选择程序。也可将若干优良系统混合或混合后继以混合选择，进而组成具有一定杂种优势的综合品种。无性繁殖作物的品种为异质和杂合的无性系，杂交后即可在杂种一代的无性繁殖后代中选育出新的、具有一定杂种优势的优良品种，其育种程序与单株选择法类似。不论何种类型的作物群体，采用何种杂交育种方法，其工作内容不外是创造优良变异、选择与稳定变异、产量与品质鉴定三个环节，并根据这三个环节的需要，相应设置不同的试验圃。各田依其种植的材料性质、工作特点及目标任务组成既相互区分又联为整体的育种程序。一般设立原始材料圃，包括征集圃、筛选圃、亲本圃，作为开展育种工作的素材；选种圃种植杂种及其分离后代用于选择和稳定变异；产量比较试验用于评价新育成品系（群体）的产量、品质及其综合性状水平，由初级至高级区分为鉴定圃、预试圃和品种比较试验。在产量比较试验同时，还需设立种子区和新品种繁殖区，并择优参加区域试验、生产试验等。

育种程序的安排十分灵活，依作物种类、育种材料和方法、地区特点、育种目标以及从事育种的人力、物力、土地和设备条件等而异。育种工作者的策略思想、技巧经验和习惯不同也在相当程度上影响到育种程序的具体做法，可以说是因人因地制宜而不拘一格。此外，还与国家市场对品种表型一致性的要求有关。对一致性要求高的，选择次数增多，世代拉长。而要求不太高的则在杂种后代中进行一两次选择即可育成品种。国内外都在积极利用温室或异地条件加建世代进程，缩短育种年限，各地制订育种程序的细节时就更为多样化了。但万变不离其宗，基本原理和方法还是共通的。最后育成的新品种（组合）包括杂交种的亲本自交系、品系或品种群体，必须达到符合生产上要求的一致性和稳定性，在主要性状上不能有较明显的变异。经繁殖或制种后能产生与原品种或杂交种相同的群体，在增产、增收上发挥新品种的应有作用。