两个性状育种值之间的相关，有时也指基因型值之间的相关。遗传分析中往往要区分性状间相关的遗传原因和环境原因。相关的遗传原因主要是基因的多效性，有时，连锁也能导致遗传相关，但不稳定。如果同一环境差异对两个性状有同向或异向影响，则会产生环境相关。

与表型方差分剖的情况相似，两个性状间的表型协方差也可作相应分剖。X和Y两个性状的表型值可分别表示为：

P_x＝G_x＋E_x

P_y＝G_y＋E_y

假定G和E彼此独立无关，则有协方差分剖：

COV_pxy＝COV_Gxy＋COV_Exy

从而可得两个性状间的遗传相关（这里是基因型相关）：

遗传相关

如果能设法求得育种值间的协方差CoV_Axy，就可得到两个性状育种值间的相关（r_A），这是一般所指的遗传相关：

遗传相关

根据上述三种协方差之间的关系以及相关系数与协方差和相应方差的有关公式，可得到表型相关（r_P）、遗传相关（r_A）和环境相关（r_E）之间的关系式：

r_Pxy＝h_xh_yr_Axy＋e_xe_yr_Exy

式中 h_x和h_y是二性状遗传力的平方根，e_x和e_y是环境率（e²＝1－h²）的平方根。上式表明，如果两个性状的遗传力都高，则表型相关主要由二者间的遗传相关所决定；反之，若二性状的遗传力都低，则环境相关是表型相关的主导因素。当然，上述论断也与r_A和r_E本身的大小有关。因此，表型相关与遗传相关不一定总是吻合的，二者间有时可能数值相差甚大，甚至于符号也可能相反。

遗传相关的估算方法很多，常用的有协方差分析法、同胞分析法、交叉协方差法以及相关响应法等。由于遗传相关表示二性状育种值之间的关系，能够更直接反映性状间的遗传关联。