衡量品种间若干性状综合遗传差异大小的指标。亲本选配是育种工作的首要环节，有关亲本配合力和亲子关系的研究，提供了亲本选配的理论依据。不过，这些研究都必须在杂交之后才能进行。若能在杂交前预先了解亲本间的遗传差异及其与亲本配合力之间的关系，就能使亲本选配工作更有预见性。同时，育种目标所要求的性状不止一个，为了能够更全面地反映亲本品种间的遗传差异，需要对多个性状综合考虑，从而引伸出遗传距离的概念。按多元统计分析方法计算品种间多个性状基因型值构成的多维空间的几何距离，就叫作品种间的遗传距离。

假定有n个品种，每个品种观察p个性状（n＞p），那么，可将这n个品种看作是p维空间内的n个点，其中第i点的座标x_i＝（x_i1＋x_i2＋……＋x_ip）。于是，品种i和品种j之间p个性状的综合遗传差异，则相当于p维空间内x_i和x_j两点间的距离。所以，任何两个品种的综合遗传差异，都可以用多维空间内相应两点间的距离表示。将这些距离按其数值大小分组归类，就是聚类分析。

为了消除性状间相关的干扰，计算距离前需要进行枢轴凝聚转换或主成分转换。利用转换后的独立变量（或主成分）计算各品种之间的差异（y_ik－y_jk），这些差异的平方和就是品种i和j在p维空间的几何距离（），亦即：

遗传距离

式中是品种i和品种j之间的遗传距离，y_ik和y_jk分别是品种i和j第k个转换后的变量（主成分）值。

然后，根据所有配对品种间的d²值进行聚类，即可将亲本品种划分为综合遗传差异大小彼此不同的类群。类群间品种杂交可能比类群内品种杂交产生更强的杂种优势，从而为亲本选配提供了预先的数量依据。若能将遗传距离分析与实际杂交结果相互验证，就可得到亲本选配方面更为可靠的信息。