在掌握丰富甜菜种质资源的基础上，选育具有丰产、高糖或某种特殊优良性状的品种改良工作，对提高甜菜产质量、增强抗逆性、扩大种植区域、改革甜菜产区的种植制度和改良栽培管理技术等方面具有重要作用。

世界甜菜育种约有200年的历史。1786年德国E.F.阿查德（Achard）选育出第一个糖甜菜品种西里西亚（Silesia），含糖率只有6～8%。1850年法国J.L.维里莫连（Vilmovia）用杂交方法，选育出的甜菜品种含糖率12%左右。19世纪80年代欧洲各国相继开展育种工作，将含糖率提高到13%以上；90年代，开始用旋光计测定块根中含糖量，显著地提高了育种效果。20世纪初，甜菜根中含糖率已达20%左右。例如，波兰的阿·亚纳什—爱捷1号（A.Janasz—Aj1）。1951年联邦德国L.斯克洛舍（Schlosser）首先育成多倍体品种。1958年利用雄性不育系获得了杂交种子，尔后以单粒种一代杂种开始应用于生产。

20世纪50年代，中国开始进行甜菜育种工作，60年代初生产上全部应用自育品种，至1985年育成甜菜二倍体及多倍体品种40余个，先后在生产上发挥了作用。

总目标是选育丰产，高糖，抗性强——具有较强的抗病性、抗旱性、耐寒性、耐盐碱性、抗当年抽薹性。品质优良——根中的有害氮、有害灰分含量低。适于机械化栽培——植株直立、根形不要过长的单粒型品种，适应性广的优良品种。各甜菜产区的自然气候特点和耕作栽培制度不同，其具体育种目标亦有差异。

甜菜育种的基本方法是选择育种和杂交育种。

采取混合选择或系统选择育种是甜菜育种的基本方法之一，按一定计划、一定育种目标，挑选具有优良性状的个体或集团培育新品种（系）。此方法简便，育种年限短，见效快，一般以经济性状和抗病性等为选择育种材料。如选择高产糖量亲本，常用相关图（或弃园选择），以阶梯划法进行选择。选择抗褐斑病亲本，一般采用目测5级分法鉴定品种发病程度。田间接种病原菌孢子诱发鉴定，或者在发病严重地区，进行异地播种，诱发鉴定。还可对抗当年抽薹、高含糖、高纯度、低灰分等指标进行选择。

常采用品种内、品种间和远缘杂交三种有性杂交方法。根据甜菜具有偏母本遗传的特点，选配杂交组合时，以具备适应当地自然条件、主要性状突出等优点的亲本作母本；以地理上远缘，性状差异大，配合力强，可弥补母本不良性状的亲本作父本。杂交技术：①人工杂交。甜菜属于两性花，杂交前在上午5～8时或下午3～6时对母本花朵进行去雄，上午8～10时取粉，待花粉散开后立即授粉（一般两次即可），套硫酸纸袋隔离。3～5天子房膨大即可去袋。②自然杂交。亲本种在一起，任其杂交。雄性不育株自然杂交，用雄性不育株作母本，自然接受父本花粉，开花前进行育性调查，去掉母本中的可育株。

用于克服杂交亲本花期不遇及远缘杂交不育，或保持和改良某些隐性性状。如单粒种甜菜用无性繁殖，保持单粒性状，改善其含糖率和提高抗病性等。通常以主要亲本作接穗，将其具有某一特殊优良性状的亲本做砧木。有芽接、劈接、靠接等方法。

杂交后代性状的遗传变异与选择。不同类型的甜菜品种经杂交后，其杂种后代性状的遗传变异有如下趋势：块根中含糖量大多数都介于双亲之间，含糖量受母本的影响较大，遗传传递能力较强，以高糖自交系作母本的，杂种后代一般含糖量较高，含糖量的性状从杂种一代和二代开始选择。杂种第一代的根产量具有明显的杂种优势，一般均高于双亲的平均值，个别组合可超双亲。世界上普遍采用杂种优势育种，利用杂种一代。但根产量受环境条件影响较大，遗传力弱，随着提纯世代的增加，有降低的趋势，应在早代大量淘汰低产组合。杂种后代抗褐斑病性状，多数介于双亲之间，较明显倾向于母本。选用抗病品种作母本，效果较好。抗褐斑病性状遗传力较强，有加性效应。

甜菜杂种后代的遗传变异是多种多样的，应按育种目标选择杂交后代。在杂种第一代入选组合，杂种二代入选单株，杂种三代选择优良株系，并进行单株选择，对种子量大的组合，可进行初级比较试验，杂种第四代进行比较试验，决选优良株系，采收优良株系或优良单株种子，杂种第五代决选优良品系，杂种第六代继续进行高代品系比较试验和品系杂交组合配合力鉴定。通过各世代的选择和鉴定，选出优良组合，参加品种异地鉴定和区域试验，并进行多点生产示范。达到育种目标的优良组合，经审定命名应用于生产。