在日本占领期间原为台湾总督府西部棉作指导所，创立于1937年。光复后由台湾省行政长官公署农林厅接收，与原台湾棉花株式会社嘉义工场合并成立棉作繁殖场。1948年台湾省政府为适应不断增长的纤维用原料的需要，将其改组为棉麻繁殖场，直属农林厅。至1952年5月改组为台湾省农业试验所台南棉麻试验分所，为台湾省唯一的纤维作物改良专业机构。
在日本占领期间原为台湾总督府西部棉作指导所，创立于1937年。光复后由台湾省行政长官公署农林厅接收，与原台湾棉花株式会社嘉义工场合并成立棉作繁殖场。1948年台湾省政府为适应不断增长的纤维用原料的需要，将其改组为棉麻繁殖场，直属农林厅。至1952年5月改组为台湾省农业试验所台南棉麻试验分所，为台湾省唯一的纤维作物改良专业机构。负责纤维作物育种、栽培、植保、改良品质等研究工作，并开展原原种繁育、良种良法示范等工作。同时还进行纤维作物种子及种苗国际交换，以谋求纺织、包装、造纸及手工艺编织用纤维原料的增产。工作人员共有35人，其中硕士3人。分为衣着纤维作物、工业纤维作物、纤维机械、植物保护等系。衣纤系为选育丰产质佳的纺织用棉花品种及更新改变传统栽培技术；工纤系主要研究蔺草Juncus effusus var.decipiens Bu-chen、琼麻Agave sisalana（Eng.）Perrier ex En-gelm等纤维作物的品种改良及栽培技术；植保系从事于腰折病菌Rhizoctonia spp.生物学的研究，寻求棉铃黑化病有效的防治方法，设置亚麻立枯病圃从事品种抗病检定试验，选育抗病性品种；机械系改良试验亚麻联合收刈机、棉麻采纤机，进行纤维品质测定试验供改良品质之用。
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