亲缘关系相近的两个个体间交配而产生子代的繁殖方式，简称近交。根据亲缘远近的程度，近亲繁殖又有亲表兄妹交配、半同胞交配和全同胞交配的区别。植物的自花授粉或自株授粉又称自交，是近交的极端类型。

近亲繁殖在很多生物中属于正常的自然现象。如自花授粉植物或自体受精动物等，近交有助于在特定环境条件下基因型的保持和稳定。在物种的繁衍和种性的保持上是无害而有利的。但在异花授粉或常异花授粉植物中，如果人为地连续在小群体内留种或强制自交，就会导致生活力减退、繁殖力和抗逆力下降。

天然异交生物强行近交的有害性源于有害基因的纯合化。由于异交生物都是遗传上的杂合体，它们体内常常潜伏着有害的隐性基因。在天然异交情况下，这些基因被显性的等位基因所遮盖，不能表现出来。一旦发生近交，由于分离和重组的结果，隐性基因达到纯合状态，从而导致有害性状的表现。例如玉米普通品种自交的后代，就常分离出白化苗、黄苗和畸形苗。

近交的有害性是相对的，在人工控制下使某些生物近交，通过选择可以达到育种目的。因为近交不仅使隐性基因纯合，也能使有利的显性基因以同样速度达到纯合，并使群体中杂合子的比率迅速下降。例如杂合体Aa经过一次自交，后代就会出现1AA∶2Aa∶laa的分离。其中显性AA和隐性aa个体各占子代总数的1/4，杂合体Aa的比例由原来的100%降为50%。如果连续多代自交，后代中杂合体的比例就会大大下降，而纯合体的比例则大大增加，从而导致某基因型的纯合化。由于基因纯合化带来了生物遗传上的稳定性，使生物上下代之间保持性状的相对稳定。因此，从育种角度出发有意识地进行人工强制近交，通过选择，保留显性有利基因，淘汰有害的隐性基因，可以达到改良群体和保持优良群体相对稳定的作用。

近亲繁殖原理在育种上最重要的贡献是近交系间杂交种的利用。例如玉米的自交系间杂交产生的杂种第一代大多表现强大的杂种优势（见杂种优势）。