为保证水利工程设施正常运行，发挥应有效能所需的经常性费用，以年为计算时段的称为年运行费用。通常包括：①管理费。指日常管理工作必需的费用，包括管理机构的行政管理、必需的观测和试验等费用，一般可根据工程设施的具体情况，参照类似工程或按有关规定确定。水利工程设施正常运行期各年的管理费基本相同。②维修费。指日常的维修、养护、清理和岁修等的费用，一般按投资的一定费率估算。水利工程设施正常运行期各年的维修费也基本相同。③燃料动力费。指水利工程设施运行所消耗的燃料、电力等的费用，根据各年消耗的数量和价格估算。④其它费用。除以上三项费用外，其它必需支出的经常性费用，如为消除或减轻水利工程设施对环境不利影响而采取替代、补救措施的运行费用，以及规定交纳的税金和保险费等。

以上各项费用没有包括每年为回收投资和偿还贷款利息所需提取的基金，它只是水利产品成本的一部分，在分析计算水利工程产品（水、电等）的成本时，还应包括每年提取的基本折旧费和占用资金的报酬，通称为工程的年折算费用。基本折旧费是每年应偿还的本金，可根据水利工程设施的固定资产价值，按一定折旧率计算。占用资金的报酬，即每年应支付的利息，进行经济分析时按规定的资金报酬率计算；进行财务分析时，按不同资金来源的贷款利率计算。

不同水利工程年运行费的来源是不同的。防洪、除涝等属公益事业性质的工程，没有或只有很少经济收入，其运行费用，一般由国家给予补助。水力发电、供水、灌溉等有经济收入的工程，其运行费一般列入成本，从收入的电费、水费中支付。某些水利工程，由于国家的政策规定，收入偏低，不足支付年运行费用的部分也有由国家给予补助的。年运行费是反映维持水利工程设施正常运行支出费用的综合指标，尽量减少或节省这部分开支，是提高水利工程设施经济效益的措施之一。