日本的耕地大部分布在沿海冲积平原，一般地势较低，有些还低于海平面，地下水位较高，天然排水不畅，加以降雨集中，洪涝灾害经常发生，所以排水是日本农田基本建设的重要内容之一。目前有排水设施的耕地面积近5000万亩，约占耕地面积的60%。

日本农田排水的历史较久，但大规模建设现代化排水工程则始于二次世界大战以后，尤其是近些年来，结合河川治理，通过在河流上修建多目标灌溉排水控制性工程，疏浚河道和修建排水泵站等，有效地改善了一些地区的排水状况。与此同时，为适应大型农业机械作业，水、旱作物轮作和控制地下水位，实施了灌溉渠系和排水沟系分设，调整和增建了各级排水沟，并广泛采用了暗管排水技术。虽然排水工作取得较大进展，但洪涝灾害的威胁依然存在。

排水工程的规划设计，主要依据农林水产省编制的设计准则。做法上，要求全面规划、综合治理，排除地面水和控制地下水位并重，排蓄结合、围垦湖泊留有滞涝容积等。排水设计标准有两种：排除地面径流的标准一般规定按10年一遇3日降雨考虑；地下水位的控制标准在水田和旱地分别采用0.6～0.8米和0.8～1.2米。排水沟系一般分4级，除有些干沟灌排两用外，一般均灌排分设。排水沟的规格因地区和土质等条件不同而异。一般为土渠，土质不好的常用混凝土或钢筋混凝土护砌，或用钢板桩和混凝土桩护坡。田间排水设施有明沟和暗管两种。目前水田暗管排水的面积占水田面积的三分之一。暗管排水材料多用陶瓦管和塑料管。塑料管管径多为50毫米，陶瓦管多为76毫米。暗管间距10～15米左右，坡降一般为1/300～1/500，管线长100～150米。滤料以稻壳和稻草为主。日本许多滨海平原和围垦洼地，自流排水困难，均修建泵站抽排。

日本排水工程的施工，包括开沟、埋管、建闸和泵站等均已实现了机械化。排水系统的运行管理，包括水闸、泵站、防洪预警调度等，大都实现了自动化。如新泻县新川排水系统，控制流域面积280平方公里，70%以上的地面水依靠抽排。全系统有排水泵站17座，其中以新川河口泵站最大，有6台轴流泵，总功率7800千瓦，流量240米³/秒。新川水系管理所设有自动化控制中心，各水利设施设自动化控制站，可监测电源电气和自动化设备等的工作状况，测量降雨量，内外水位和闸门开启高度等，最后通过电子计算机和人工控制闸门和水泵的启闭，达到自动化管理。

围湖围海，排水造田，是日本增加耕地的主要途径，重要工程有八朗泻和有明海等的围垦，其中以八朗泻为最著名。八朗泻在秋田县，原是日本仅次于琵琶湖的第二大湖，湖面约33万亩，最深处4.5米，湖底地形平坦，土质肥沃，沿湖小规模围垦已进行多年。1956年农林水产省提出全面围垦计划，1957年开始实施，经20年工作，至1977年完成全部围垦和新农村建设计划，共计围垦土地25.5万亩，其中耕地18万亩。