研究生物群体对生存环境的适应以及对环境改变作出反应的遗传机理的学科。是生态学与群体遗传学相结合的一门遗传学分支学科。生态遗传学对研究生物进化、动植物育种和生态环境污染对生物的遗传后果有很大意义。生态遗传学的发展也为进化遗传学、数量遗传学等有关的遗传学分支学科提供了某些新的研究方法和探索途径。

20世纪30年代，费希尔（R.A.Fisher）、霍尔丹（J.B.S.Haldane）、赖特（S.Wright）等人进行了以数学为工具的理论群体遗传学的研究，到40年代至50年代，多布然斯基（Th.Dobzhansky）、沃丁顿（C.H.Waddington）等人进行了以昆虫为材料的实验群体遗传学的研究。这些研究为生态遗传学奠定了基础。1963年在荷兰海牙召开的第11届国际遗传学大会上首次举行了生态遗传学的讨论会；1964年福特（E.B.Ford）《生态遗传学》一书的出版，标志着生态遗传学已发展成为一门独立的遗传学分支学科。

生态遗传学研究的内容相当广泛，通常涉及的问题有：①适应的起源；②自然群体的多态；③地理种和生态型的形成；④物种起源的机理；⑤家养条件下物种的进化；⑥群体对除草剂、物理和化学诱变剂等以及对其他环境污染的反应；⑦物种引入或迁移对当地群体的后果；⑧新环境下人类进化的趋向。

数学与统计学方法

在对群体作抽样调查的基础上，分析群体的分布与结构、个体的数量、群体中的基因频率。这一方法又可分为静态的和动态的两种：①静态方法。假定群体处于同样的生态条件下，个体所发生的遗传变化，或是假定群体中的个体有相同的基因型，它们在不同生态条件下发生的遗传变化。②动态方法。群体的遗传结构和生态环境都发生改变的情况下，研究生物对环境的适应与反应的遗传变化。

野外群体

对某些野生动物群体，如昆虫、鸟类、鱼类和哺乳动物，都可以用捕捉—标记—释放再捕捉的方法，研究群体数量、地理或海域分布、基因频率的变化等情况。

实验室群体

即在实验室的条件下，对某些已知遗传结构的群体，作选择、杂交、随机漂变、基因型与环境互作的试验，观察群体适应度（fitness）和基因频率的变化。

计算机模拟

无论是对于野外群体或是实验室群体，人类一生中所能观察到的世代数是很有限的，不可能对千百万年生态变化的长期效应进行观察。应用计算机，可以模拟不同的选择压、突变率、迁移率、繁殖率以及遗传随机漂变等因素作用下遗传变异的长期效应，从而对种群以及动植物遗传资源的保护和利用作出预测和长期规划。