在一个群体中某一基因对其等位基因的相对比率。不同群体的同一基因往往频率不同，它是群体遗传结构的基本标志。基因频率的计算：①当等位基因为共显性时，由于基因型与表现型一致，据表现型频率就可直接计算基因频率。例如，A与a为一对共显性等位基因，它们的基因型有三种，即AA、Aa和aa，表现型也有相应的三种。
在一个群体中某一基因对其等位基因的相对比率。不同群体的同一基因往往频率不同，它是群体遗传结构的基本标志。
基因频率的计算：①当等位基因为共显性时，由于基因型与表现型一致，据表现型频率就可直接计算基因频率。例如，A与a为一对共显性等位基因，它们的基因型有三种，即AA、Aa和aa，表现型也有相应的三种。如有100个个体组成的一个群体，三种表现型的数目分别为AA25个、Aa50个、aa25个，则在25个AA中含有50个A，50个Aa中含有50个A，而在aa中不含A，这样A基因的总数为25×2＋50＝100个。50个Aa中含有50个a，25个aa中含有50个a，而在AA中不含a，所以a基因的总数是50＋25×2＝100个。用p表示A的基因频率，用q表示a的基因频率，则
基因频率
②当等位基因A对a完全显性时，由于AA与Aa的表现型不能区分，所以只能根据平衡定律q2＝R的关系，计算出a的基因频率，然后再通过p＝1-q求得A的基因频率（见哈代—温伯格定律）。③伴性基因的频率可根据性染色体异型性别中的表现型比例直接求得。④复等位基因可根据平衡的基因频率与表现型比例的关系，先求隐性基因的频率，再求其他基因的频率。
基因频率是一个相对百分数，一般写成小数形式，没有负值，其值变化范围在0～1间。各等位基因的基因频率总和等于1。
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