目前，生产上主要采用大豆来培育“绿瓣豆芽菜”。大豆原产我国，3000多年前在黄河中下游地区已普遍栽培。在长期的栽培过程中，由于自然和人工选择的结果，逐渐形成了豆粒大小、形状、颜色等性状有着明显差异的各种各样的大豆类型。其中按种子种皮颜色不同可分为黄豆类型：种皮为浓黄至黄白色；青豆类型：种皮为暗绿色至淡绿色；黑豆类型：种皮为不完全黑色或完全黑色至乌黑色或带泥膜黑色；褐豆类型：种皮为淡褐色至深褐色和紫红色以及双色豆类型：种皮为“虎斑”（如黄底褐斑等）或“鞍挂”（种脐两侧具马鞍状色斑）等。山东当地多选用舒蓝红豆、赶牛料黑豆等属于褐豆类型和黑豆类型的大豆地方品种作为“绿瓣豆芽菜”的生产用种。据当地经验，认为这二个品种所生产的豆苗品质好、产量高，并且比较抗病。但有的生产者喜欢采用黄豆类型和青豆类型中的其他品种作为生产用种。