传统豆芽菜生产用种以黄豆、绿豆和蚕豆为主，黄豆有种皮为白黄、淡黄、金黄、暗黄等不同色泽的品种，但以色泽黄亮者为好。绿豆有明绿豆、毛绿豆和黑绿豆等，明绿豆较抗寒、耐热、豆芽色白粗嫩；毛绿豆较耐热、出芽快、但豆芽较细；黑绿豆怕热、出芽慢、豆芽白而细、质地较致密，可根据各地习惯选用。蚕豆有大粒种、小粒种和种皮黄棕色、青白色等不同品种类型，可按所在地区因地制宜选用。在采购种子时应注意选择籽粒饱满、硬实率低，纯度、净度和发芽率均高的新种子，尽量不买陈种子。

在进行豆芽培育前要先对种子进行筛选，并进行发芽实验。然后淘洗种子，用20～27℃的洁净清水进行浸种，8～12小时后当种子基本吸胀时结束浸种，捞出种子再用清水冲洗干净，即可进入发芽容器进行培育。