化肥所含主要成分都是农作物所需要的营养成分，只要配合得当，施用合理，不会对土壤造成不良影响。但是化肥会破坏土壤之说由来已久，而且的确存在这种现象，其原因在于偏施氮肥而不讲究氮磷钾及微量元素等的配合。

氮肥所含氮素都以铵根离子（NH₄⁺）和硝酸根离子（NO₃^-）存在，铵根离子在土壤中也要转化成硝酸根离子。带阴电荷的硝酸根离子和土壤中存在的氢离子（H⁺）结合就成为硝酸，它是强酸性化合物。我国南方土壤大多数属于中性和酸性土壤，如果氮肥施用过多，不加其他肥料配合，则会使土壤变酸，对作物生长不利。国外有些国家规定施用氮肥时要配施一定数量的石灰，他们称之为氮肥的石灰价。其次，氮肥都是一些含氮的化合物，如硫酸铵（NH₄）₂SO₄、氯化铵NH₄Cl，尿素（CN）₂CO，碳酸氢铵（NH）₄HCO₃等等。植物根系吸收的是氮，其他的都残留在土壤中，如硫酸铵中的硫酸根离子（SO₄^2-）、氯化铵中的氯离子（CL^-）、尿素和碳铵中的碳酸根离子（HCO₃^-）等等，除碳酸根离子是弱酸外，其他都是强酸性的，它们可以溶出土壤固体颗粒中的钙（Ca），在雨水多或大量灌溉时，随水淋失。土壤中的钙是土壤结构形成的重要物质，钙的淋失会造成土壤板结、不透气等，使土壤的结构破坏，物理性状变劣。

任何一种药物在治病的同时也会有副作用，一名负责任的医生会告诉患者应该怎样正确服药，而中医更会用几味中药的相辅相克作用加以校正，防止副作用的产生。化肥施用同样也会有副作用，所以施用氮肥时应注意其他化肥如磷、钾肥、微量元素等的搭配，普通过磷酸钙中含有大量的钙，对于克服氮肥的副作用极为有利。近年来不少地方用磷酸二铵作为磷肥，代替普钙并与尿素等氮肥配合施用。磷酸二铵是一种好肥料，不仅磷含量高于普钙，而且还含有氮素，是一种高浓度氮磷复合肥料。正由于其浓度高，副成分中的钙大量减少，与氮肥配合时降低氮肥副作用的功能下降。在多年连续施用磷酸二铵，不用普钙的地方，氮肥的副作用也会表现出来，这种地方增施有机肥料以加强改土作用极为重要。

单施化肥会不会使土壤有机质含量下降呢？应该说只要合理施用化肥，氮磷钾配合适当，农作物产量增加就不会使土壤有机质含量下降。这是因为施用化肥使作物增产，地上部产量多了，根茬的量也大。一般说来，根茬重量占整个植株总重量的30%左右，如果一亩地植株总重有1000千克，则留在土壤里的根茬就有300千克，足以抵消土壤中原有有机质的消耗。当然，提高土壤有机质含量的最有效手段是增施有机肥料，特别是像秸秆、堆肥等有机物含量高的有机肥料，再配合施用化肥，则不仅可以获得高产，而且可以稳步地提高土壤有机质含量，培肥土壤。