由于目前能抵抗黑星病的黄瓜品种尚少，主要靠化学药剂来防治。首先可用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液，进行药剂浸种，杀死种子上携带的病原菌。在苗期和成株期当叶片上出现了黑星病的病斑后，就要开始喷药。每7～10天喷一次，连续2～3次。在保护地中，喷过了一个“疗程”后，由于天气的转暖，病害有可能得到缓解，或被控制住，这时可暂停用药。在田间再次出现新病叶时，再进行第二个疗程的防治。使用的药剂包括：①50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液；②70%托布津可湿性粉剂800～1000倍液；③75%百菌清可湿性粉剂600倍液；④2%武夷菌素水剂150倍液；⑤30%百菌清烟剂0.25千克/亩；⑦5%百菌清粉尘1千克/亩等；⑥在病菌对多菌灵产生抗药性以后可用40%福星（新星）乳油8000至10000倍进行防治。