我国的兽药最初由卫生部门管理。1978年，农林、化工、商业和卫生四部发出联合通知，明确了兽药药政由农业部门负责管理。随后农业部在畜牧兽医司设立了兽药管理机构，使我国的兽药实现了归口统一管理。1980年国务院批转了《兽药管理暂行条例》，1987年5月21日国务院又颁布了《兽药管理条例》，进一步明确了兽药管理的职责和范围，从此，我国的兽药管理工作逐步纳入了法制化管理的轨道。

《兽药管理条例》中规定：国务院农牧行政管理机关（即中华人民共和国农业部）主管全国兽药管理工作，县以上农牧行政管理机关主管所辖地区兽药管理工作。

兽药管理的依据是：《兽药管理条例》、《兽药管理条例实施细则》以及国家陆续发布的有关兽药的配套法规、命令和文件等。