胀果甘草种子呈圆肾形，长3.25～3.65毫米，宽2.90～3.77毫米，厚2.40～2.71毫米。表面灰黄色或淡棕绿色，种脐周边有一微隆起淡黄色环，种脊棕色条状隆起。

种子横切面：表皮外被角质层，栅状细胞径向长70～76微米，直径8～12微米，外缘有一光辉带，细胞壁自内向外渐增厚，近光辉带处厚至几无胞腔。支持细胞呈哑铃形，径向长14～18微米，基部宽16～20微米，缢缩部壁厚2～4微米。胚乳细胞壁薄，遇水膨胀后呈不规则形，长120～230微米，宽30～80微米。其他特征与乌拉尔甘草种子相似。