该病主要是通过消化道感染，因此，加强饲养管理，搞好饮食卫生和环境卫生至关重要。笼具、兔舍勤清扫，定期消毒，粪便堆积发酵处理，严防饲草、饲料及饮水被兔粪污染，成兔与幼兔分开饲养。仔兔在哺乳期实行母仔分养，定时哺乳，可降低仔兔的感染率。

预防性投药和药物治疗。目前球虫病的疫苗还不过关，药物防治是有效的方法。可用氯苯呱，每千克体重10毫克喂服或按0.03%的比例拌料，连用2～3周，对断奶仔兔预防时可连用2个月；克球粉，每千克体重50毫克，连用5～7天；盐霉素，按每千克饲料60毫克，连续使用；0.002%浓度的敌克珠利，饮水或每吨饲料添加1克拌料，或以鲜尔康拌料，均有较好效果。

近年来发现，一些过去很有效的药物，防治效果越来越差，说明抗药性普遍存在。选用新型药物和复合药物可解决抗药性的问题。河北农业大学山区研究所最新科研产品——球净，预防按饲料的0.25%添加，连用15天，停药5天或连续使用。该药在全国二十多个省直辖市大批量地生产应用，对防治兔球虫病有特效。

应该强调，由于家兔对马杜霉素非常敏感，正常用量就会导致中毒死亡。因此，不可用于家兔球虫病的预防和治疗。