（1）二者的病原菌不同

小孢子真菌病和疥癣都属于皮肤病，前者是真菌引起，后者是由体外寄生虫——螨虫引起。刮取病灶处皮肤，在显微镜下可以明显区分：小孢子真菌具有菌丝和孢子，疥癣是可爬动的螨虫。

（2）发病的部位和感染对象不同

小孢子真菌性皮肤病主要发生在体表无毛或少毛处，如眼圈、鼻端、嘴唇、肛门、外阴、乳房等，严重时可感染全身，以仔兔、断乳后的幼兔和泌乳期的母兔最易感染；疥癣发生的部位也比较固定，主要有耳癣（在外耳道寄生）和脚癣（在脚部寄生），严重时感染全身。其感染对象不分大小、性别，但仔兔阶段一般很少有明显的临床症状。

（3）病灶不同

二者均有结痂和脱毛现象，小孢子真菌病的结痂呈现红色或红褐色，突出于体表，一般厚度较小；疥癣的结痂开始红褐色，以后逐渐变成灰褐色，结痂较厚，耳癣的结痂可塞满整个外耳道，脚癣的结痂呈现糠麸样的龟裂状。

（4）用药后的反映不同

真菌性皮肤病使用抗真菌性药物（如各种治疗人脚气的药膏、药水）外涂，多数在几天内见效，但根除很困难，而使用治疗螨虫的药物没有任何效果；疥癣使用治疗螨虫的药物（如有机磷药物、伊维菌素、阿维菌素）很快见效，但使用抗真菌的药物无济于事。