益生素是活的微生物及其代谢产物的复合物。凡是活的生命物质都对温度敏感。因此，在饲料压制颗粒饲料时，这些活的微生物要受到一定的影响。

颗粒饲料机在制作颗粒饲料时，需要一定的温度和压力。一般温度在80℃左右。而一般的微生物适宜生存的温度应在40℃以下。因此，高温制作颗粒饲料会对微生态制剂产生较严重的破坏。

制作颗粒饲料的过程对益生素的破坏程度取决于制粒的温度、湿度和压力，以及饲料中含有的其他化学物质和药物等。同时，也取决于微生态制剂中有益微生物的种类和数量。一般的微生物是惧怕高温的，但是，一些微生物可以耐受一定的高温，特别是带有芽苞的细菌对于高温具有很强的耐受力。有人对益生素中不同的有益微生物进行温度试验，结果表明：芽孢杆菌对温度的耐受力最强，即使100℃处理2分钟也基本没有损失，而乳酸菌、酵母菌则在50℃左右才能保持较高的存活率，当温度大于 80℃，损失很大。

为了避免饲料在制粒过程中对微生态制剂中有益微生物的破坏，一般采取制粒之后直接往颗粒饲料中喷液态的微生态制剂的办法，也可以采取饮水的方式。如果以芽孢杆菌为主的微生态制剂，则可以直接制粒。