菜籽饼中的主要有害成分是硫葡萄糖甙，在菜籽中含量为3%～8%，但它本身没有毒性，而是在发芽、受潮和压碎的情况下，菜籽中的硫葡萄糖甙酶可将其分解为异硫氰酸酯、唑烷硫酮、腈等有毒物质。硫葡萄糖甙还可在酸碱的作用下水解，并且比酶解更快。异硫酸酯有辛辣味，影响适口性；其对黏膜具有较强的刺激作用，可引起胃炎、肾炎、支气管炎及肺水肿，也可引起甲状腺肿。硫氰酸酯和唑烷硫酮也可导致甲状腺肿。腈进入体内析出腈离子，对机体的毒害作用极大，可引起细胞窒息，抑制生长。

菜籽饼脱毒的简易方法有：水浸法：即将打碎的菜籽饼在清水中浸泡数小时，再换水1～2次；坑埋发酵法：将粉碎的菜籽饼加入适量水（40%～50%），封埋于土坑中厌氧发酵1～2月，可除去大部分毒素。