近交的遗传效应是使基因纯合，提高兔群的纯度，可使优良的基因尽快地固定下来。近交还能增加隐性有害基因纯合的机会，利用隐性基因型和表现型一致的特点，便于识别和淘汰这些不良个体。近亲繁殖是育种工作中一种重要的手段，使用得当，可以加快遗传进展，迅速扩大优良种兔群的数量，但使用不当，会出现近交衰退现象。

所谓近交衰退，是指由于近交而使家兔的繁殖力、生活力以及生产能力降低，随着近交程度的加深，几乎所有性状都发生不同程度的衰退。近交后代不同性状衰退程度是不同的，遗传力低的性状衰退明显，如繁殖力各性状，出现产仔数减少，畸形、死胎、弱仔增多和生活力下降等现象；遗传力较高的性状，如体形外貌、胴体品质则很少发生衰退。此外，不同的近交方式、不同的种群、不同的个体和不同的环境条件，近交衰退的程度都有差别。近交衰退是生物界的一种普遍现象，相对其他大家畜，兔子是较耐受近交的。试验表明，如果结合严格的选择和淘汰，兔子连续全同胞交配多代达到较高的近交程度而不致明显的衰退。

为了避免近交造成的不良后果，一般近交仅限于品种或品系培育时使用，商品兔场和繁殖场都不宜采用。采用近交时，必须同时注重选择和淘汰，保证良好的营养条件、环境条件和卫生条件，以减缓或抵消近交的不良后果。在兔群中适当增加公兔数量，以冲淡和疏远太近的亲缘关系，至少保持10个以上有较远亲缘关系的家系。