兔舍中的灰尘有飘浮的大量尘埃、饲料粉尘、垫草、土壤微粒、被毛和皮肤的碎屑等，直径约0.1～10微米。其中，在5微米以下的危害最大。细小微粒物所引起的危害可以是急性的，也可以是长期作用产生慢性中毒。这些物质除对呼吸道有直接物理性刺激和致病作用外，更可成为病原体的载体，对病原体起到保护和散布作用。兔舍空气中微生物含量与灰尘含量高度相关，许多细菌不是形成灰尘微粒的核，而是由灰尘所载。空气中微生物主要是大肠杆菌、球菌以及一些霉菌等，在某些情况下，也载有兔瘟病毒等。兔舍空气中微生物浓度与灰尘浓度趋势一致，也受舍内温度、湿度和紫外线照射的影响。其中，对獭兔健康有重大影响的是生物性颗粒物，包括尘螨、动物皮毛尘、真菌等。这些生物主要存活于灰尘中，其中，1克灰尘甚至可附着800只螨虫。空气中的灰尘含量因通风状况、舍内温度、地面条件、饲料形式等而变化。

为了减少兔舍中灰尘与微生物的含量，兔舍应尽量避免使用土地面；防止舍内过分干燥；如饲喂粉料时，要将粉料充分拌湿；同时，兔舍要适当通风。此外，在兔舍周围种植草皮，也可使空气中的含尘量减少5%。