两系法杂种优势利用只需两个育种材料，即光温敏核不育系和恢复系，不用保持系。光温敏核不育系在低温或短日照条件下可以自交结实，繁殖种子；在高温或长日照条件下则表现不育，可以用来与恢复系制种，生产杂交种子。由于光温敏核不育系能一系两用，与三系法相比两系法就少了一个繁殖环节。更为有利的是，光温敏核不育系由简单核基因控制，理论上讲，任何优良的育种材料都可以培育成光温敏核不育系；而且水稻种质资源中，98%以上的育种材料都可用作两系法中的恢复系，这就大大提高了选配杂交稻组合的自由度，从而也就大大增加了选育优良杂交稻组合的几率。