水稻虽然是耐涝作物，但是，淹水深度也不能超过穗部，而且淹水时间越长危害也越重。在诸生育期中，以幼穗形成期到孕穗中期受涝，危害最重。其次是开花期。其他生育时期一般受影响都较轻。孕穗期是花粉母细胞及胚囊母细胞减数分裂的时候，是水稻一生中对环境条件最敏感的时期。此期淹水，可使小穗不生长，生殖细胞不能形成，或花粉的发育受阻，出现烂穗或畸形穗。未死亡的幼穗颖花与枝梗也严重退化，抽白穗，甚至只有穗轴，无小穗。即使能抽穗，成熟期也推迟5～15天，每穗的粒数减少，空秕粒增多。