生物农药的优点主要是对人、畜安全，对环境影响小，无残留。其缺点主要是防治效果不稳定、兼治性差、成本较高等。因此，生物农药更适合用于对农药残留控制严格、对环境质量要求高和经济效益较好的作物。例如直接食用的药材、水果、蔬菜、茶等经济作物和庭院作物。这是因为这些作物由于其本身的特点，对环境友好的生物农药要求更加迫切。另外，由于这些都是经济作物，人们的管理更加精细，环境也比较稳定，相对来讲更利于生物农药本身药效的充分发挥。

当然，这样说并不是要忽视生物农药在大田作物上的重大推广意义。实际上很多生物农药在大田作物上的应用效果已经得到了证明。例如苏云金杆菌（Bt）在防治棉铃虫、玉米螟、林业害虫等方面多年来已经得到了大量的应用，并取得了非常好的效果。阿维菌素作为一种抗生素类的生物农药，不仅具有安全的特性，而且效果突出，防治谱广，已经广泛应用于包括大田作物、蔬菜、果树的几乎所有作物80余种害虫、害螨、线虫的防治。其他一些抗生素类杀菌剂，如井冈霉素、链霉素等应用范围和应用面积也非常大。因此，不同的生物农药具有不同的特点，适合不同的作物和不同的防治对象，只有通过大量的试验，才能进一步发挥出各种生物农药的巨大潜力。