中国植物病理学研究机构大多数隶属于农业科学研究院、所和农业高等院校，以及中国科学院的部分所（室）；一些综合性大学的生物系也开展有关植物病理学的研究工作。

包括农业部、中国农业科学院以及各省（市、自治区）农业厅（局）和农业科学院、所隶属的植病机构。

农业部植物检疫实验所

系农业部技术事业机构。1964年建所，其前身为农业部植物保护局所辖的植物检疫实验室。该所的主要任务是，配合国家植物检疫工作需要，收集掌握国内外危险病、虫、杂草基本情况和疫情动态，研究其传播为害规律、检疫措施、检疫技术及消毒处理方法，为国家制订检疫法令、措施提供科学依据，并进行技术培训和科普宣传。设有真菌、细菌、线虫、病毒、抗血清鉴定等研究室，并建有较现代化的隔离检疫苗圃。获国家科技进步奖的重大研究成果有：“中国大豆病毒种类鉴定、为害分布和检疫技术研究”，“烟草花叶病单克隆抗体研究与应用”，“血清学检疫技术研究和应用”，“危险性病、虫、杂草检疫重要性研究”等；获农业部科技进步奖二等奖以上的研究成果有：“抗血清制备及其检疫技术的研究”和“九种主要花卉病毒检疫技术及其应用的研究”等。

中国农业科学院植物保护研究所

建于1957年，下设8个研究室。其中植物病理学方面的研究室有：细菌病毒研究室、小麦病害研究室、植物线虫研究室等，直接从事植物病理学方面的科研人员50余人。1992年经国家科委批准，农业部在该所建立了植物病虫害生物学国家重点实验室。其任务是：研究植物病原基础生物学，阐明农作物与病原物的相互关系，应用生物技术和系统工程方法，开展农作物病害流行、传播危害和防治新技术的研究。研究领域涉及病原物与寄主植物相互作用机制、生物技术在植物病害防治中的应用基础研究、植物病害与传病昆虫的相互关系等，病原真菌原生质体培养与遗传转化、土传病害生物工程菌的研究也列为重要课题。80年代以来，以该所为第一主持单位和该所有关专家为第一主持人的科研项目中，获国家自然科学奖、发明奖、科技进步奖的重大科研成果有：“中国小麦条锈病的流行体系”、“棉花抗枯萎病高产新品种86-1号”、“利用磷肥副产品制造的新型杀菌剂氟硅脲”、“控制棉花主要病虫害综合防治对策及关键技术”等；获农业部技术改进奖、科技进步奖二等奖以上的科研成果有：“小麦品种抗锈性鉴定、抗源品种选育、条锈菌19号类群鉴定和拜米伯6447应用技术试验”、“小麦条锈菌新小种条中22号、23号、24号、25号的发现和研究”、“抗矮花叶病玉米三交种丰三一号”、“麦蚜远距离迁飞和传毒规律研究”、“粉锈宁拌种防治小麦条锈病研究”、“我国农作物青枯病病原细菌的生理小种和生化型及其发生区划”、“小麦主要病虫害综合防治技术体系”等。

中国农业科学院生物防治研究所

成立于1990年5月。其前身为中国农业科学院生物防治研究室，始建于1980年1月。以农作物的病、虫、杂草、天敌和病原微生物为主要研究对象，以应用和应用基础研究为主，开发研究为辅，有科技人员54人。下设5个研究室，其中与植物病理学科有关的研究室有：农用抗生素、农业环境保护、国际合作生防研究等3个研究室。该所有重点地对植物真菌病害防治技术开展研究工作。获国家科技进步奖的重大科研成果有“新农用抗菌素120及其产生菌的分离、鉴定、生产工艺和应用”等。

中国微生物菌种保藏管理委员会农业微生物中心（简称农业微生物菌种保藏中心）

建于1980年，由中国农业科学院土壤肥料研究所代管。以调查农业微生物菌种资源；筛选、收集农业微生物菌种，研究鉴定菌种特性，研究菌种保存技术并长期保藏菌种资源为主要任务。下设细菌放线菌实验室、真菌实验室、根瘤菌实验室、食用菌实验室。已筛选和收集农业微生物菌种2000多株，其中1400株已编入《中国农业菌种目录》（含细菌、放线菌、酵母菌、丝状真菌、担子菌）。

各类作物专业研究所设立的植病研究组织

中国水稻研究所植保系设有植物病理研究组，从事水稻病害的研究。华南热带作物科学院植物保护研究所设有热带作物病理研究室，主要研究橡胶和其他热带经济作物的病害发生、流行规律和防治技术以及热带水果防腐保鲜技术。中国农业科学院棉花研究所、茶叶研究所、蔬菜花卉研究所、柑橘研究所、果树研究所、郑州果树研究所、油料研究所、甜菜研究所、烟草研究所等均设有植物保护研究室，下设相应的作物病理研究组或课题组，开展本作物有关植物病理方面的科研工作。中国农业科学院作物品种资源研究所内设有抗病虫检疫室，开展作物品种资源的抗病性鉴定研究和国外引种的检疫。中国农科院生物技术中心设有“单克隆抗体国家工业性试验基地”，主要开展植物病害单克隆抗体的研制及有关应用基础研究。以上各研究机构多年来获国家发明奖、科技进步奖的重大研究成果主要有：“抗病高产优质棉花新品种——中棉所12号”、“高抗TMV丰产番茄新品种——中蔬4号（鲜丰）的育成”、“苹果树腐烂病发生规律和防治技术”、“中国花生病毒种类及分布”、“国外水稻种质资源主要农艺性状和抗三病二虫鉴定研究与利用”等；获农业部技术改进奖、科技进步奖二等奖以上的科研成果有：“大棚黄瓜主要病害综合防治技术”、“抗黄萎病棉花新品种——中棉所9号”、“苎麻根腐线虫及其防治研究”等。

省（市、自治区）植物病理学研究机构

江苏、吉林、湖北、陕西、广东、新疆、四川、上海、天津等28个省（市、自治区）所属农业科学院或农林科学院内均建立有植物保护研究所，北京市农林科学院建有植保环保研究所。上述各研究所内，有的按专业设立植物病理研究室，或按重点作物设立有关作物病害研究室或研究组。如江苏省农业科学院植保所下设水稻病害组、麦病组、棉病组、病毒组、果树病害组，吉林省农业科学院植保所下设水稻病害研究室、玉米病害研究室，广东省农业科学院植保所下设植物病理研究室，上海市农科院植保所下设作物病害研究室。随着科研体制改革工作深入开展，有的省、市农业科学院植保所内按承担的科研课题进行分工，如组成蔬菜病害综防课题研究组、小麦病害综防课题研究组、抗药性监测研究课题组等，使机构设置、人员分工与科研任务紧密结合起来。各省市农业科学院有关植物病理学研究获国家发明奖、科技进步奖的重大科研成果主要有：“棉花高抗枯萎病的抗源品种52—128、57—681”、“公主岭霉素”、“中国稻瘟病生理小种及抗稻瘟病抗源筛选”、“中国五大稻区水稻病虫害综合防治的系统对策”、“全国小麦品种资源抗赤霉病性鉴定研究”、“小麦品种抗锈性的鉴定和利用”、“玉米品种资源对大、小斑病和丝黑穗病的抗病性鉴定”、“甲霜胺拌种防治谷子白发病”等；获农业部技术改进奖、科技进步奖二等奖以上的科研成果有：“水稻凋萎型白叶枯病防治研究及白叶枯病抗源的推荐”、“水稻白叶枯病的综合防治”、“三种水稻病毒病的检测技术”、“四川省小麦条锈病菌越夏规律调查研究”、“棉花黄枯萎病种子接菌和检疫消毒技术研究”、“多菌灵胶悬剂防病技术”、“玉米粗缩病发生规律及其综合防治”、“电子计算机在水稻稻瘟病、麦类赤霉病预测预报上的应用研究”、“小麦黄矮病发生和防治技术研究”等。

台湾省在研究院设有植物病理研究所；台湾省的农业院校如台湾大学农学院、中兴大学农学院、屏东、嘉义农业专科学校均设有植物病理研究室或研究组；台湾省农业试验所及嘉义和凤山两个农业试验分所，以及桃园、台中、台南、高雄、台东、莲花各区农业改良场，茶业、烟草、香蕉、糖业改良场（试验研究所）和亚洲蔬菜研究发展中心等，均设有相应的植物病理（作物病害防治）研究室（或试验研究组）；台湾省农药药物毒物试验所设有杀菌（抗菌）药物研究室，并在各自的科研工作中取得相应成果。

与植物病理学关系密切的主要是中国科学院微生物研究所，下设的病毒研究室开展植物病毒的基础研究、应用研究和开发研究。应用生物制剂病毒弱疫苗防治烟草花叶病和黄瓜花叶病毒的研究成果，已在生产上推广应用，取得明显经济效益。获国家科技进步奖的重大科研成果有：“用卫星核糖核酸防治黄瓜花叶病毒引起的植物病害”等。真菌研究室及真菌开放实验室也进行一些有关植物病原真菌的研究工作。

全国有近20所农业大学或农学院设有植物病理学研究机构或兼有这方面的研究工作；少数综合性大学的生物系也开展一些植物病理学方面的研究工作。

高等农业院校

经农业部批准在全国重点农业大学建立的有关植病研究机构有：北京农业大学有害生物综合防治研究所，植物生态工程研究所，南京农业大学植物病原生物研究所，西北农业大学植物病理研究所，西南农业大学植物生态病理研究所。此外，沈阳农业大学设有小麦秆锈病和免疫研究室，华南农业大学设有植物线虫研究室、植物病毒研究室、广东省柑橘黄龙病研究组等。在省属院校中：云南农业大学设有植病研究室；河北农业大学设有植物免疫研究室，浙江农业大学设有植物病理和生理技术研究室、生物技术研究所，福建农业大学设有植物病毒研究室、病虫生物防治研究所，山东农业大学设有植物病毒研究室，吉林农业大学设有真菌研究室，黑龙江省八一农垦大学设有植物免疫研究室，宁夏农学院设有病虫害综合防治研究所，新疆石河子农学院设有植物保护研究所，河南农业大学设有作物病虫害防治研究室，湖南农业大学设有植物保护研究室，仲恺农业技术学院设有病虫害综合防治研究室。此外，北京农业大学设有“农业生物技术国家重点实验室”，主要研究内容和方向之一为植物基因工程，以主要农作物品质改良和抗病虫研究为重点；南京农业大学和浙江农业大学分别设有农业部重点开放性实验室——病虫监测与治理基础，植物病理与生物技术实验室；北京、南京、沈阳、华南、西北、浙江等六所农业大学建立的博士后流动站均设有植物病理学专业，接受博士毕业生进站从事植病研究工作。高等农业院校有关植病研究获国家自然科学奖、科技进步奖的重大科研成果有：“耐病毒诱导剂的人工免疫机制”、“运用隔离、消毒、防疫综合性措施培育柑橘无病良种苗木的体系研究”、“小麦叶锈病生理小种和小麦品种抗叶锈性研究”、“小麦丛矮病的发生发展规律和调控生态条件、综合技术的应用”、“黑龙江春小麦根腐病发生规律与防治研究”、“中国水稻白叶枯病菌致病型的研究及在抗病育种中的应用”、“大豆无（低）毒种子的获得、检测及繁殖技术的研究”、“小麦品种资源收集、抗病性鉴定及整理利用研究”等；获农业部、国家教委技术改进奖、科技进步奖二等奖以上的成果有：“真菌异核遗传研究”、“小麦秆锈菌生理小种类型34C₃的发现及其致病特点”、“农作物（水稻、桑、柑橘、茶）线虫病研究”、“水稻簇矮病——一种新的水稻病毒病”、“油菜增产菌及其应用”、“大豆病毒病的发生及流行规律的研究”、“麦类病毒病研究”、“小麦条锈病流行的电算模拟研究”、“中国棉花枯、黄萎病菌‘种’及生理鉴定抗病性试验及其在抗病品种选育上的作用”、“中国植物青枯病细菌的分类和检测”、“疫霉属真菌生物学及分类研究”、“长江流域的蚕豆病毒病”、“大豆对大豆花叶病毒（SMV）抗性鉴定、遗传与选育”、“小麦白粉病的研究”等。

在综合性大学中，如上海复旦大学生命科学院、上海师范大学生物系等，在植物病理学方面也开展了一些研究工作。获国家发明奖、科技进步奖的重大科研成果有：“棉花枯萎病抗性的快速筛选方法”、“种子、真菌及昆虫传播的几种麦类病毒的鉴定及综合防治”、“大米气调贮藏防霉保鲜技术”等。