由病原真菌侵染植物引起的侵染性病害。真菌病害是植物病害中数量最大的一类，约占植物病害总数的70%～80%。许多为害重、分布广的作物病害，如锈病、黑粉病、霜霉病、白粉病等都是由真菌引起的。绝大部分真菌病害是局部性侵染病害，表现坏死、腐烂、畸形等症状，少数真菌病害，如棉花枯、黄萎病和大麦条纹病是系统性侵染病害，表现萎蔫和条斑等症状。多数真菌病害以病菌的有性孢子及有性器官越冬并引起初侵染，有的以厚垣孢子、菌核等休眠体越冬。生长季节则以无性孢子引起重复侵染，热带和亚热带地区病原真菌周年均以无性孢子引起重复侵染。真菌病害通过气流、雨水、虫媒等传播，种苗带菌的真菌病害，主要随种苗调运引起远距离传播。真菌孢子萌发直接侵入寄主表皮细胞，或通过气孔等自然孔口及伤口侵入植物。

植物真菌病害的研究在植物病理学的创立和发展中具有重要意义。德国德巴利（Heinrich Anton de Bary）最早研究小麦锈病和马铃薯晚疫病等植物真菌病害，发现锈菌的转主寄生现象和“致病疫霉”对马铃薯的致病性，并发表《黑粉菌的研究》专著，开创了植物病理学这一学科，成为现代真菌学和植物病理学的奠基人。法国植物学家米拉德（Pierre Marie Alexis Millardet）发明的第一个杀菌剂——波尔多液，有效防治葡萄霜霉病和马铃薯晚疫病，开创了植物病害的化学防治研究。在植物病理学的近一百多年历史中，许多学者对各类植物真菌病害，特别是小麦锈病、马铃薯晚疫病和禾谷类黑粉病进行了大量研究，在病原物的形态、生理生化、致病力分化及侵染过程、病害循环和病害控制等方面，丰富了植物病理学的内容，推动了学科的发展。

多数植物真菌病害分布较广，其分布与寄主作物的栽培区域一致。有些真菌病害的地理分布较特殊，如煤病、炭疽病、疫病等多发生在热带及亚热带，而某些叶斑病和菌核病主要发生在温带；由指霜霉属（Peronosckerospora）、指梗霜霉属（Sclerospora）和指疫霉属（Sclerophthora）等真菌引起的禾谷类作物霜霉病，多在热带和亚热带国家和地区流行。有些世界性分布的病害，如小麦的三种锈病在同一国家不同区域的流行程度有明显差异，中国的北方以条锈病流行较普遍，南方以杆锈流行为主，而叶锈在各类地区均有不同程度的为害。

真菌病害主要造成农作物减产、降低农产品品质。1970年美国玉米大斑病流行使玉米减产165亿千克；1950年中国小麦锈病大发生损失小麦60亿千克，1974年稻瘟病流行使稻谷产量损失60亿千克，1980年玉米小斑病流行损失玉米17亿千克。果蔬和薯类收获后病害所致损失也很大。棉花发生枯、黄萎病后，衣分和绒长明显降低，纤维品质变差；果树和蔬菜受病原真菌侵染导致水果和蔬菜品质下降，影响其商品价格。有的真菌病害使农产品产生毒素，危及人、畜健康，例如感染赤霉病的小麦籽粒产生致呕毒素和类雌性毒素，人畜食后引起呕吐、腹泻等中毒症状；甘薯黑斑病病薯含有甘薯黑斑霉酮和甘薯黑斑霉二酮，人食后引起头晕，牛食后发生气喘病。

各类真菌所致病害的症状具有各自的特点。卵菌中较低等的如锦霉、腐霉、疫霉等，多生活在水或潮湿土壤中，主要引起根腐和基腐；高等的卵菌如霜霉和白锈菌，通常陆生，引致植物花、穗变形，发病部位分别出现霜霉层和白色疱斑；卵菌引起的叶斑往往没有明显的边缘，呈失绿水渍状。子囊菌和半知菌引起的病害常形成边缘明显的病斑，病组织上产生霉层或小黑点。担子菌引起的病害主要是锈病和黑粉病，症状特点尤其明显。真菌病害的主要症状类型有：①坏死型。有猝倒、立枯、疮痂、炭疽、溃疡、穿孔和叶斑病等。②腐烂型。有苗腐、根腐、茎腐、杆腐、花腐和果腐病等。③畸形型。有癌肿、根肿、缩叶病等。④萎蔫型。有枯萎和黄萎病。此外，有些病害在发病部位出现具特征性的病原真菌子实体，如霜霉、白锈、白粉、煤污、白绢、菌核、紫纹羽、黑粉和锈病等。

常见的植物真菌病害可根据植物症状特点和病原真菌的鉴定以及病害发生的规律进行诊断，其方法和步骤主要是：观察被害植株的症状类型，注意病组织表面是否有粉状物、霉状物或小黑点等真菌子实体，初步确定其是否由真菌所引起。用挑针或解剖刀将霉层或粉状物挑下或刮下，或将具小黑点的病部徒手切片制成临时玻片镜检，根据病原菌的形态确定其为何种真菌病害。如果病部没有长出真菌子实体，可将病组织放在培养皿中保湿或用湿纱布保湿24～48小时，待子实体出现后再镜检鉴定。病组织上常长出许多腐生物而不是致病菌，检查时应选用新鲜的病组织。对于不常见的真菌病害，需分离出真菌再进行形态鉴定，用分离的真菌在原寄主健株人工接种，发病后再分离鉴定，如果两次鉴定的真菌种类相符，并能致病，证明这种真菌是真正的致病菌，在全面分析其病因基础上，确定其为何种真菌病害（见植物病原真菌鉴定和柯赫氏法则）。

许多真菌病害由气流传播，在生长季节多次重复侵染，喷洒药剂防治效果明显。有些真菌病害的病原物其致病力明显分化，作物品种间抗病性差异较大，可采用选育抗病品种的途径控制病害。种苗传播的真菌病害对种苗进行药剂或热力处理。土壤传播的真菌病害采用栽培措施与选用抗病品种相结合的方法进行防治，生物防治也是重要的防治手段之一。各项防治措施要综合配套实施才能取得最佳效果。