用系统工程的原理和方法，对植保工作进行研究、规划、设计、实施、并达到优化的科学方法和工作过程。它是一个复杂的大系统，其组分和互作很复杂，动态性很强，不确定性很大。管理这种系统，只靠经验行事是难以作好的，需要采用系统分析的方法来更为深刻和全面地认识这个系统，并采用系统管理的方法来管理这个系统，这就是植保系统工程。病害系统由一种或几种作物、多种病原物、相应传播介体、有关的天敌益菌和理化环境条件组成。是农田生态系的一个子系统，不能孤立地研究植物病害系统，必需把它放在背景系统之中才能更全面和深入地认识其变化规律。植物病害系统的管理，更需从农田生态系统管理全局出发，把病害管理协调溶汇于整个农田生态系管理之中。农田生态系各子系统中，和病害系统性质最近、关系最密切的是害虫、杂草和有害动物等子系统，病、虫、草、鼠诸害虽各有其不同特点，但在发生规律和基本理论上存在着许多共性，而在防治原理和措施上既有共性和一致之处，也有相互作用甚至相互矛盾之处。实际上，植保工作就总体而论，病、虫、草、鼠的防治不能各自为政，不能单打一地就病论病、就虫治虫，而应从全局出发，综合考虑，组成一个统一的综合治理系统。

植保工作面对的是多种不同的生物和错综复杂的生物间相互作用，既逃不脱复杂多变的气候条件的影响，又要不断适应农业技术的变革和发展，受到经济条件和社会需求的制约和促进。有时需要考虑的时空跨度还很大，如大区流行病害等。植保工作的管理目标是满意的综合效益，包括经济效益、生态效益和社会效益，而三者间的协调兼顾有时并不容易。既要力求适应于母体系统即植物生产系统，保证增产和持续农业的实现，而在特定条件下，有时也不得不要求植物生产系统作出某些结构和功能的改进。

植物病害流行学在应用方面服务于病害防治，既然病害防治介入了植保系统工程，因而流行学的研究应注意相应部分与农田有害生物生态系研究和植保系统工程研究的叠合和衔接，以利于生产中多学科的综合运用。植保系统工程是中国1985年提出的新观点，其具体内容、方法和实际应用，正在研究探索之中，可参看有关的初步文献。