世界已知30余种，中国至1991年有近10种。为害叶的有大褐斑病。为害球茎的有基腐病、曲霉病（Aspergillus niger）、青霉病（Penicillium spp.）和线虫病等。病毒病中有花叶病（Narciscus mosaic virus，NMV）、黄条斑病（Narciscus yellow stripe virus，NYSV）、隐症毒病（Narciscus latent virus，NLV）等。中国尚无报道的为害球茎与根的重要病害有火疫病（Sclerotinia polyllastis）、菌核病（S.narcissicola）。重要的是大褐斑病、基腐病、病毒病，局部地方线虫病也值得注意。

又称叶枯病，分布浙江、上海、福建、云南、台湾。1983～1984年，浙江舟山地区发生严重，病情指数达39～95。主要为害叶片，引起叶斑、叶枯。早期多发生于叶片顶部，形成褐色斑点，逐渐扩大为椭圆形，汇合成不规则的褐色、红褐色条斑，病部周围失绿变色，与健康组织界限分明。后期病斑表面粗糙，略呈疮痂状，病部撕裂，密生深褐色小点（病菌分生孢子器）。重病株比健株地上部提前30～40天枯死。病原物为水仙壳多孢，半知菌、球壳孢目。除水仙外，还能侵染孤挺花（Amaryllis spp.），文殊兰（Crinum asiati-cum var.sinicum）等花卉。水仙品种间抗病性有差异，多花水仙病重，青水仙、喇叭水仙、臭水仙感病较轻。江、浙一带4月至5月雨水多时发病严重。病菌在水仙膜质鳞片内，或在田间病残体上越冬越夏，成为主要的初侵染源，也可在孤挺花等其他寄主上越夏，分生孢子借风雨传播，再侵染频繁，潜育期4～7天。气温与降水频率是影响病害流行的重要因素。病害控制：避免连作；种球在种植前或收获后消毒，及时清除病残体；发病期间喷施百菌清、克菌丹或波尔多液。

又称干腐病。分布于浙江、福建、上海等地。病根呈褐色软腐，向基盘发展，沿鳞片向上蔓延，受害球茎纵向开裂，地上部叶由顶部向基部逐渐失绿变黄，直至凋萎。病株不同程度的矮化、扭曲；贮藏中，被害球茎呈褐色或浅红褐色干腐，其上有时可见红色霉层（病菌分生孢子梗和分生孢子）。病原物为尖孢镰孢水仙专化型，半知菌，瘤座孢目。贮藏期通风不良，温、湿度过高发病重、带病球茎是主要侵染源，也可在病残体或土内越冬，田间5月至6月为发病盛期。病害控制：可用福尔马林或苯莱特液浸泡种球；收获时避免球茎受伤，及时剔除、销毁病球茎。

花叶病分布普遍，中国水仙产区均有发生。初期症状不明显，后期叶上出现轻微褪绿小斑，形成绿色斑驳，病株早衰，花箭少，球茎小。田间1月中下旬开始发病。病原物为水仙花叶病毒（NMV），粒子线条状，属马铃薯X病毒组。寄主范围广，包括各种水仙和风信子，老枪谷、长春花、三色旋花、千日红、矮牵牛、豌豆、长车前、绒缨菊等。主要以带毒球茎及机械方式传播。黄条斑病在上海、福建、广州、四川均有分布，为害漳州水仙和崇明水仙。发病初期无明显症状，后期病叶粗糙，沿叶脉产生黄色条斑或系统花叶，花器上有类似症状，严重时叶扭曲黄化，植株矮小，球茎退化。病原物为水仙黄条斑病毒（NYSV），粒子线条状，属马铃薯Y病毒组。有风轮状内含体。主要以带毒种球传病，叶蝉、豆蚜及土壤线虫等介体通过汁液、接触等均可传播。病害控制：处理种球；茎尖脱毒组织培养；建立无毒种球基地。

使植株矮化，叶片扭曲畸形、球茎小、基盘腐烂、花少，严重时不能抽叶开花，部分或全部腐烂，剖开球茎，可见褐腐鳞片与健康白色鳞片相间的环纹。病原物为堆肥生滑刃线虫和甘薯茎线虫。植物线虫，垫刃目。主要由带线虫的球茎传播，除自身为害水仙外，还可传播病毒，使根部易受真菌侵入。病害控制：严格检疫和热水处理种球。